IMS、JST （中村教授のグループ）による日本のSNPsデータベースです。

>JSNP

HGC（菅野教授と中井教授のグループ）によるヒト遺伝子の転写開始点と完全長cDNAのデータベースです。

>DBTSS

このソフトウェアはマイクロアレイデータなどの遺伝子発現データを分析するためのC言語で書かれたライブラリです。このライブラリは階層クラスタリング、k-means,k-medianクラスタリング,2次元自己組織化マップから構成されます。さらに、このライブラリのためのPythonとPerlのモジュールを用意しています。

>Open source clustering software

BioRuby は国産の Ruby 言語のためのバイオインフォマティクス用ライブラリです。
様々なデータベースや解析ソフトウェア、各種ウェブサービスを利用する際に便利な機能を持ち、研究のためのデータ操作を行うツールボックスとして用いたり、複雑な解析パイプラインを自動化するために利用することができます。

>BioRuby

セルイラストレータは代謝系、遺伝子制御ネットワーク、シグナル伝達系などの生体内パスウェイを絵を描く感覚でモデル化しシミュレーションすることでIn Silico解析を行うための商用ソフトウェアです。本ソフトウェアはJava 5.0以降をサポートするMac OS X, Windows, Linux, Solaris上で動作します。

>Cell Illustrator

SiGN-SSM は時系列で観測された遺伝子発現データから動的遺伝子ネットワークを推定するためのオープンソース・ソフトウェアです。発現データに特徴的な、繰り返し測定された短時点かつ不等間隔のデータを解析することができます。Mac OS X, Linux, Windows で動作するバイナリのほか、様々な環境でコンパイル・動作可能なソースコードがダウンロード可能です。

>SiGN-SSM

NCBI で公開されているデータベースで、GenBank, RefSeq, UniGene の他にGenomes, dbSNP, Taxonomy, OMIM, GEO などが利用できます。

>NCBI

EMBL/EBI による核酸配列のデータベースです。内容は GenBank, DDBJ と共通です。

>EMBL

Swiss Prot, TrEMBL, PIR データベースを統合して作られた、SIB/EBI によるアミノ酸配列のデータベースです。

>UniProt

wwPDB (RCSB, EBI, PDBj) による立体構造のデータベースです。

>PDB

Sanger/EBI による真核生物のゲノムデータベースです。

>Ensembl

UCSCによるヒトのゲノムデータベースです。

>Golden Path

Pfam: Washington大学とSanger Instituteによるタンパク質ファミリーのデータベースです。
Rfam: Washington大学とSanger Instituteによる機能性 RNA ファミリーのデータベースです。

>Pfam, Rfam

EBI によるタンパク質ファミリー、ドメイン、機能サイトの統合データベースです。

>InterPro

SIB によるタンパク質モチーフとプロファイルのデータベースです。

>PROSITE

SIB による真核生物のプロモーター配列データベースです。

>EPD

NCBI の相同性検索プログラム BLAST と、BLASTの検索対象となる EST, nr などのデータベースです。

>NCBI

Virginia大学の相同性検索プログラムで SSEARCH 等も含まれます。

>FASTA

ClustalW：マルチプルアラインメントのプログラムです。
ClustalX：ClustalW のグラフィカルインターフェイス (GUI) です。

>ClustalW, ClustalX

系統解析のプログラムです。

>PHYLIP

HMMER：隠れマルコフモデル(HMM)を作成し配列を検索するプログラムです。
INFERNAL：RNA の共分散モデル(CM)を作成し配列を検索をするプログラムです。

>HMMER, INFERNAL

配列解析を中心とした多数のプログラム集です。

>EMBOSS

InterPro データベースを検索するプログラムです。

>InterProScan

exonerate：相同性検索とゲノム等への配列マッピングを行う統合プログラムです。
Wise2：タンパク質のゲノムへのマッピングを行うプログラムです。

>exonerate, Wise2

期待値最大化(EM)法により配列から特徴パターンを検索するプログラムです。

>MEME