渋谷哲朗の小部屋

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自己紹介

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター、シークエンスデータ情報処理分野（情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻協力講座）の渋谷哲朗（しぶや・てつお）です。研究室は東京の白金台の六本木ヒルズや東京タワーなどの夜景がとてもきれいなところにあり、計算機を用いてゲノムの世界を明らかにしていくためのさまざまな研究を行っています。その中でもとくに計算機におけるアルゴリズムの研究という視点から、今までになかったような全く新しいアプローチを提供することをめざして研究を行っています。
　本研究室で力を入れていることのひとつに検索技術の研究があげられます。検索とは、大規模なデータから欲しいデータを探し出す技術のことですが、さまざまな分野でデータの量が指数関数的に増大していることからその必要性も極めて高くなっています。分子生物学の分野も例外ではなく、たとえば研究者が機能未知のタンパク質に対してまず行うことは、膨大な既知配列のデータベースからの類似配列の検索です。本研究室では、配列データベースだけでなく、立体構造データベースやSNPデータベース、糖鎖構造データベースなど、より高度なデータベースからの検索技術についても精力的に研究を行っています。また、検索だけでなく、広く組み合わせパタンマッチング・アルゴリズムの研究も行っています。また、そのような情報科学orientedな研究だけでなく、本研究室では、遺伝子予測、遺伝子多型予測・クラスタリング、RNA構造予測など、最新の分子生物学に直接寄与する研究にも力を入れています。
もしこれらの研究にご興味をお持ちでしたら、単なる興味でも共同研究でも何でもかまいませんので、どなたでもお気軽に研究室までご訪問ください。　

ハンガリーのブダペストにて。
（王宮の丘へのケーブルカーの前でのスナップ）

研究業績

これまでの私の履歴や、論文などをご紹介します。

新着情報

2009年5月18〜21日に米国アリゾナ州ツーソンにて開催された計算生物学理論における世界最高峰の国際会議RECOMBにおいて、2009年のBest Paper Awardに以下の論文が選ばれました。この論文では、タンパク質立体構造検索に対する新しいアルゴリズム設計パラダイムを提案し、それによってタンパク質立体構造の高速線形時間検索アルゴリズムを実現しました。このアルゴリズムは、単に従来アルゴリズムより理論計算量が優れているだけでなく、実際にもＰＤＢ上において従来と比べ（精度は全く同等のまま）数倍〜数十倍高速な検索を実現しています。（関連ページ： SMAD (Statistical Model-based Algorithm Design)）

また、タンパク質立体構造のための索引構造「幾何的接尾辞木」(geometric suffix tree)に関する論文がJournal of the ACMに掲載されることになりました。

講義関連

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