和文著書
- 渋谷哲朗,「バイオインフォマティクス」,理論計算機科学事典,徳山豪・小林直樹(総編集),朝倉書店,2022年1月1日,pp. 337-347.
- 渋谷哲朗,アルゴリズム,東京大学工学教程・情報工学,東京大学工学教程編纂委員会(編),丸善出版,2016年11月20日発行.
- 木下賢吾,渋谷哲朗,中井謙太,生命情報学,現代数理科学事典,第2版,平中平祐(編),丸善,2009年12月,pp. 342-354.
- Neil C.Jones,Pavel A.Pevzner(著), 渋谷哲朗,坂内英夫(訳), バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門,
共立出版,2007年6月.
- 日本バイオインフォマティクス学会(編),バイオインフォマティクス事典(情報科学分野(第T章第2部)編集担当および執筆者、閲読者として),共立出版,2006年7月
- 渋谷哲朗,バイオインフォマティクスにおけるデータマイニングの基礎,ゲノム研究実験ハンドブック,辻本豪三、田中利夫(編),羊土社,2004年10月,pp.
45-48.
和文総説・和文招待論文
- 渋谷哲朗,統計モデルを活用したビッグデータ検索超高速化,電子情報通信学会誌,vol. 97, no. 5, 2014年5月, pp. 384-387.
- 渋谷哲朗,バイオインフォマティクスの現状と課題,電子情報通信学会誌, vol. 90, no. 2,,2007年2月,pp. 145-147.
- 渋谷哲朗,BDGF法による遺伝子同定 ―大規模モチーフ辞書を用いて―,バイオベンチャー,vol. 2, no. 6, 2002年11月,pp.
86-89.
学会招待講演(日本語講演のみ)
- 渋谷哲朗 「スパコンシステム「SHIROKANE」とゲノム医療」、2020年日本バイオインフォマティクス学会年会、第9回生命医薬情報連合大会IIBMP2020、2020年9月2日。オンライン開催。(福岡)
- 渋谷哲朗,「タンパク質構造比較アルゴリズム」,第35回日本分子生物学会,2012年12月13日.
- 渋谷哲朗,「次世代シークエンサーのための大規模情報解析技術とそのプラットフォーム」,第56回日本人類遺伝学会,,2011年11月10日.
- 渋谷哲朗,「がんの全ゲノム解析のための大規模計算プラットフォーム」,第55回日本人類遺伝学会,シンポジウム「がんゲノム研究:基礎から臨床へ」,2010年10月28日.
- 渋谷哲朗,「タンパク質立体構造と組み合わせパタンマッチング」, 第68回 人工知能基本問題研究会 (SIG-FPAI) 招待講演,2008年1月.
- 渋谷哲朗,「ゲノム情報処理における検索技術の応用」,第14回RAMPシンポジウム,2002年9月.
招待セミナー講演(日本語講演のみ)
- 渋谷哲朗,「実応用をドライブするアルゴリズム研究」,シンポジウム「数学,アルゴリズム,計算機科学,そしてデータ科学」,2017年6月10日,東京.
- 渋谷哲朗,「ビッグデータ時代のゲノム解析アルゴリズム」,日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会,第46回研究会,2014年10月24日,東京.
- 渋谷哲朗,「タンパク質立体構造検索索引構造による高速データベース検索」,CREST「ビッグデータ統合利活用のための次世代基盤技術の創出・体系化」 特定課題調査「ビッグデーター時代に向けた革新的アルゴリズム基盤」シンポジウム,2014年1月12日.
- 渋谷哲朗,「これからのゲノムビッグデータ時代の索引アルゴリズム設計の展望」,第37回GCOE談話会,GCOE (ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏),2013年3月1日.
- 渋谷哲朗,「統計モデルと大規模パタンマッチングアルゴリズム」,湊離散構造処理系プロジェクトセミナー,2012年1月20日.
- 藤本明洋,渋谷哲朗,「国際がんゲノムコンソーシアムにおける情報解析」,日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会,第34回研究会,2010年9月10日.
- 渋谷哲朗、A New Algorithm Design Framework for Searching Protein 3-D Structures,
GCOE (ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏) 特別講演, 2010年2月.
- 渋谷哲朗,「検索技術と遺伝子発見への応用」,第24回生命情報科学特別講義,産業総合研究所生命情報科学センター,2002年.
- 渋谷哲朗,「大規模データベースにおけるパタン発見とマイニング」,第1回国際バイオEXPO,2002年7月.
- 渋谷哲朗,New Approaches to Flexible Alignment of Multiple Biological Sequences,
Combinatorial Optimization Seminar: Theory and Applications (COSTA), 97-4,
Kanagawa, October 25, 1997.
和文論文誌(査読有)
- 木村大翼,久保山哲二,渋谷哲朗,鹿島久嗣.「部分パスに基づいた木カーネル 」,人工知能学会誌,第26巻3号,pp.473-482,2011.
(論文誌サイト)
国内口頭発表(査読無・日本語発表のみ)
- 山岸大騎,木拓也,渋谷哲朗,有村博紀.「重み付き有向非巡回グラフに対する効率良いテキスト索引の構築アルゴリズム」,第17回情報科学技術フォーラム(FIT2018),D-009,2018年9月20日,福岡工業大学,日本.
- 小野寺拓,渋谷哲朗.簡潔Oblivious RAM,電子情報通信学会 情報セキュリティ研究会,2018年3月8日.
- 佐々木耀一,渋谷 哲朗,大森亮介,伊藤公人,有村博紀,正規化ハミング距離を用いた三次元点集合マッチングの高速化とインフルエンザウイルス解析への応用,情報処理学会、第79回全国大会、7ZB-01,2017年3月16日-18日,名古屋,日本.(学生奨励賞受賞)
- 小野寺拓,渋谷哲朗,アラインメントフリーなカーネル関数による高速タンパク質構造分類,LAシンポジウム2016、2016年7月20日.
- 寺師玄記,渋谷哲朗,竹田−志鷹真由子,「タンパク質立体構造データベースに対する高速類似部分構造検索法の開発」,日本薬学会構造活性相関部会第40回構造活性相関シンポジウム,2012年.
(優秀発表賞受賞)
- 藤本明洋,中川 英刀,細野直哉,中野かおる,阿部哲雄,長崎正朗,山口類,渋谷哲朗,久保充明,宮野 悟,中村祐輔,角田 逹彦,「次世代シークエンサーを用いた日本人一個体の全ゲノムシークエンスと遺伝的多様性の包括的解析」,日本進化学会大会、O-E12,2011.
国内ポスター発表(査読無・日本語発表ポスターのみ)
- 木村大翼,久保山哲二,渋谷哲朗,鹿島久嗣.「無順序木のための部分パス木カーネル」,第13回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2010),P5-38,2010.
特許登録(日本)
- 加納真,渋谷哲朗.「解析装置、解析方法、プログラム、及び記録媒体」,登録番号:特許380545,公開番号:特許公開2005−157500,2003年11月20日出願,2006年5月12日登録.
- 渋谷哲朗.「塩基配列のクラスタ生成システム、塩基配列のクラスタ生成方法、該クラスタ生成方法を実行するためのプログラム、および該プログラムを記憶したコンピュータ可読な記録媒体、および塩基配列情報提供システム」,登録番号:特許3630414,公開番号:特許公開2003−345805,2002年5月21日出願,2004年12月24日登録.
- 渋谷哲朗,鹿島久嗣.「データベース検索装置、データベース検索システム、データベース検索方法、プログラム及び記憶媒体」,登録番号:特許3871301,公開番号:特許公開2002−351908,2001年5月15日出願,2006年10月27日登録.(国際同時出願:米国特許6928437)
- 渋谷哲朗.「パターン検索方法、パターン検索装置、コンピュータプログラム及び記憶媒体」,登録番号:特許3672242,公開番号:特許公開2002−229987,2001年1月11日出願,2005年4月28日登録.(国際同時出願:米国特許7016896)
- 渋谷哲朗.「配列の変換方法、構造解析方法、装置、記録媒体及び伝送媒体」,登録番号:特許3344394,公開番号:特許公開2001−188791,1999年12月24日出願,2002年8月30日登録.(国際同時出願:米国特許7124034)
特許登録(米国)
- Tetsuo Shibuya. "Nucleotide sequence screening", United States
Patent 7702595, Filed: Feruary 20, 2004.
- Tetsuo Shibuya, Isidore Rigoutsos. "System and method for identifying
genes", United States Patent 7561974, Filed: January 31, 2002.
- Tetsuo Shibuya, "Method for changing a target array, a method for
analyzing a structure, and an apparatus, a storage medium and a transmission
medium therefor", United States Patent 7124034, Filed: December 14,
2000.
- Tetsuo Shibuya, "Pattern search method, pattern search apparatus and computer program therefor,
and storage medium thereof ", United States Patent 7016896, Filed:
January 11, 2002.
- Tetsuo Shibuya, Hisashi Kashima. "Database search device, database
search system, database search method, program and storage medium",
United States Patent 6928437, Filed: May 15, 2002.
- Tetsuo Shibuya. "Shortest path search system", United States
Patent 6356911, FIled: December 11, 1998.
特許公開(未登録・日本)
- 渋谷哲朗,「塩基配列のスクリーニングを行うためのコンピュータ・システム、そのための方法、該方法をコンピュータに対して実行させるためのプログラムおよび該プログラムを記憶したコンピュータ可読な記録媒体」,公開番号:特許公開2004−259119,2003年2月27日出願.
- 川副博,徳山豪,渋谷哲朗,丸山宏.「複数サーバ間送信数最適化システムおよびその方法」,公開番号:特許公開2000-76332,1998年8月27日出願.
- 渋谷哲朗.「最短経路探索システム」,公開番号:特許公開平11−184837,1997年12月11日出願.
- 西村茂樹,下浦弘,天目健二,今井浩,渋谷哲朗.「複数経路取得方法及びこの方法を用いた車載ナビゲーション装置」,公開番号:特許公開平09−133540,1995年11月7日出願.
新聞記事
- 東京大学新聞、新仕様スパコン、2006/10/10
- 日経産業新聞、医療バイオR&D, 日本IBM東京基礎研(下)、2003/5/28
- 日経産業新聞、医療バイオR&D, 日本IBM東京基礎研(上)、2003/5/27
- 化学工業新聞、遺伝子解析で共同研究、日本IBMと理研、2003/5/7
- ZD-Net、日本IBMと理研、バイオインフォマティクス分野で共同研究、2003/5/7
- 日経産業新聞、光熱菌ゲノム解析、2003/5/6.
その他
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