.. _annovar:

Annovar Database
================


.. note::

  **Annovar本体とデータベースの準備**

  | ClinVar, Human Genetic Variation Database, jMorp：Japanese Multi Omics Reference Panel,
  | CBioPortal, TumorPortal, germline開示対象リストのデータベースは
  | /home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/humandbにあります。
  | ライセンスの問題上、COSMICとannovarが準備したデータベースは各自で準備してください。
  | Annovar本体とデータベースを準備したらパイプライン設定ファイルを変更して
  | Annovarを実行できるようにしてください。
  | Annovarについては https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/ を参考にしてください。
  

COSMIC
^^^^^^^

| https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/download のデータベース(v94)を
| annovar用に変換します。
| https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/filter/ を
| 参考にして作成しました。
| annovarの-protocolに設定します。

ClinVar
^^^^^^^^

| https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh38/ のデータベース(clinvar_20211010)を
| annovar用に変換します。
| https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/filter/ を
| 参考にして作成しました。
| annovarの-protocolに設定します。

Human Genetic Variation Database
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

| https://www.hgvd.genome.med.kyoto-u.ac.jp/ のデータベースを
| annovar用に変換します。
| Download -> HGVD1210-V2_30-dbSNP150.tar.gz, HGVD1210-V2_30XY-dbSNP150.tar.gz
| https://github.com/misshie/hgvd2annovar を参考にして作成しました。
| Filter;NR;NA;NA/(NR + NAの合計)をアノテーションします。
| annovarの-protocolに設定します。

jMorp：Japanese Multi Omics Reference Panel
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

| https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/202109/ のデータベースをannovar用に変換します。
| Downloads -> Genome Variation -> tommo-8.3kjpn-20200831-af_snvall-autosome.vcf.g 
| AF(Allele frequency)をアノテーションします。 
| annovarの-protocolに設定します。


CBioPortal
^^^^^^^^^^

| https://www.cbioportal.org/ のデータベースをannovar用に変換します。
| https://github.com/cBioPortal/datahub からmutationのデータをダウンロードします。
| gene, Mutation_type, Variant_type, t_ref_count, t_alt_count, n_ref_count, n_alt_count, study_id, sample_idをアノテーションします。
| annovarの-protocolに設定します。



TumorPortal
^^^^^^^^^^^^^

| http://www.tumorportal.org/ のデータベースをannovar用に変換します。
| tumor typeとそこに登録されている症例数をアノテーションします。
| https://www.nature.com/articles/nature12912 を参考にしてください。
| annovarの-protocolに設定します。

germline開示対象リスト
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

| がん研臨床遺伝医療部　germline開示対象リスト.xlsxを
| disclosureカラム(Genotype, Group)として
| https://lab.rockefeller.edu/casanova/assets/file/GDI_full_10282015.txt
| と連結してannovarの-xrefに設定します。

その他
^^^^^^^

| annovar開発者が準備したデータをダウンロードします。
| annovarの-protocolに設定します。
| ダウンロードのためのスクリプトは/home/kks_th/CaGMeJ_git/SCRIPT/|version|/CaGMeJ/main/annovar/annovar_database_download.sh です。
| 失敗した場合はwgetなどで直接ダウンロードしてください。

.. csv-table:: hg19
  :widths: 10

  tfbsConsSites
  targetScanS
  eigen
  cg46
  cg69
  fathmm
  snp131
  snp138
  snp131NonFlagged
  snp138NonFlagged  

.. csv-table:: hg38
  :widths: 10

  ljb26_all
  cosmic70
  esp6500siv2_all
  avsnp150
  exac03
  exac03nontcga
  exac03nonpsych
  gnomad_exome
  gnomad_genome
  mcap
  revel
  kaviar_20150923
  gme
  dbscsnv11
  refGene
  icgc28
  hrcr1
  cytoBand
  genomicSuperDups
  wgRna
  1000g2015aug


.. note::

  **ゲノムの位置情報**
  
  | 以下のデータベースはhg19からhg38に変換しています。

  .. csv-table:: データベース
    :widths: 5

     Human Genetic Variation Database
     jMorp：Japanese Multi Omics Reference Panel
     CBioPortal
     TumorPortal
     annovarが準備したhg19データベース

.. note::

  **データベース作成スクリプト**

  | それぞれ下記にあります。
  | 適宜コードを読んで修正して使ってください。

  .. parsed-literal::
  
    /home/kks_th/CaGMeJ_git/SCRIPT/|version|/main/annovar/
      └clinvar/
        └clinvar.sh  ClinVarのhg38データベースとindexファ>イルを作成します。
      └cosmic/
        └cosmic.sh  COSMICのhg38データベースとindexファイルを作成します。
      └HGVD/                            
        └hgvd.sh  Human Genetic Variation Databaseのhg38データベースとindexファイルを作成します。
      └ToMMo/
        └tommo.sh  jMorpのhg38データベースとindexファイルを作成します。
      └cbioportal/
        └cbioportal.sh  CBioPortalのhg19データベースを作成します。
        └change2_cbio.sh    hg38データベースとindexファイルを作成します。
      └tumorportal/
        └tumorportal.sh TumorPortalのhg38データベースとindexファ>イルを作成します。
      └disclosure/
        └disclosure.sh  germline開示対象リストのデータベースを作成します。
      └crossmap/
        └crossmaphg19Tohg38.sh  hg19からhg38にデータベースを変換します
        └index.sh  変換したデータベースをもとにindexファイルを作成します
        └qsub_multiprocess_crossmap.sh  大きいデータ用(eigen, fathmm)の変換ツールです。
                                        indexファイルも作成します。

       
  .. csv-table:: 依存ライブラリ
    :widths: 5, 5

     biopython, 1.79
     CrossMap, 0.5.4   

.. note::

  **ファイルシステムのOSSへの負荷**

  | 複数のジョブが大きい同じデータを読み込むとファイルシステムに負荷がかかるので

  .. code-block:: bash

    [username@gc016 ~]$lfs migrate -c 8 eigenのデータベース
    [username@gc016 ~]$lfs migrate -c 8 fathmmのデータベース

  | を実行してください。

.. note::

  **Ensembl Variant Effect Predictor (VEP)**

  | Annovarの代わりにVEPを実行することもできます。
  | http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep を参考にしてください。