CRAM
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| cramファイルにはマッピングされたリードデータが圧縮された状態で保存されています。
| cramファイルはbamファイルより圧縮率が高いです。
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| このパイプラインではcramファイルは一時的にbamファイルに変換されます。
| 変換されたbamファイルをもとにマッピングより下流の解析が実行されます。

エンコーディング
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

| 圧縮するときはfastaファイルが必要です。

.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$samtools view -C -T Homo_sapiens_assembly38.fasta test.bam > test.cram
  [username@gc016 ~]$samtools index test.cram

デコーディング
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

| 解凍するときもfastaファイルが必要です。

.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$samtools view -h -T Homo_sapiens_assembly38.fasta test.cram > test.sam

.. note::

  **M5とUR**

  | cramが作成されるとき、cramのヘッダーにはM5タグとURタグが追加されます。
  | \-T オプションが設定されていない場合は、$HOME/.cache/hts-ref/{x}/{y}/{z}を参照します。
  | ({x}, {y}, {z}の文字列を連結したものがM5タグに記載されているハッシュ値と一致します。)
  | 該当するファイルがない場合はfastaファイルに記載されているM5タグをもとに参照するデータを探索します。
  | 該当するデータが見つからない場合はURタグに記載されているfastaファイルを参照します。
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  | ユーザー環境が異なるとcramの処理に再現性がない場合もあるので気をつけてください。
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  | 詳しくは https://www.htslib.org/doc/samtools.html#REFERENCE_SEQUENCES を参考にしてください。