マッピング
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| マッピングではリファレンスゲノムのデータ ( GRCh38など ) をもとに
| シーケンサーから得られたリードデータ ( fastqファイル ) が
| 何番染色体のどの位置に該当するかを計算します。

.. note::

  **リファレンスゲノム**

  | DNA解析で使っているリファレンスゲノム
  | ( /home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/GRCh38/Homo_sapiens_assembly38.fasta )は
  | https://console.cloud.google.com/storage/browser/genomics-public-data/resources/broad/hg38/v0;tab=objects?prefix=&forceOnObjectsSortingFiltering=false&pli=1
  | に含まれていたfastaファイルです。
  | gridssがbwa indexを実行するので拡張子から64を取り除いています。
  | 適宜設定してください。
  | 

| このパイプラインではparabricks fq2bamがマッピングを計算するためのツールになります。
|
| 出力結果はbamファイルとして生成します。 
| bam ファイルは圧縮ファイルのため
| そのままでは見ることができないので、
| samtools を使う必要があります。
| samtools と less を使うことで見ることができます。( :ref:`less` )


.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$module use /usr/local/package/modulefiles
  [username@gc016 ~]$module load samtools
  [username@gc016 ~]$samtools view test.bam | less
  

| samファイルやbamファイルについては https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf を参考にしてください。
|
| parabricks fq2bamを実行するとbamファイルと一緒にbaiファイルというインデックスファイルも生成されます。

.. note::

  **altファイルについて**

  | リファレンスのfastaファイルにalternate contigがある場合はaltファイルが必要です。
  |
  | 詳しくは https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360037498992--How-to-Map-reads-to-a-reference-with-alternate-contigs-like-GRCH38 を参考にしてください。