.. _dna_output:

DNA 解析で出力されるファイルについて
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出力結果がそれぞれのフォルダに出力されます。


出力ディレクトリ階層
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.. code-block:: bash
  :caption: DNA解析結果
  
  {出力先ディレクトリ}
    └bam/                            ：1) parabricks fq2bam結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.markdup.bam
            └{サンプル名}.markedup.bam.bai

    └mutect/                         ：2) parabricks mutectcaller結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.mutect.vcf
    └deepvariant/                    ：3) parabricks deepvariant結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.deepvariant.vcf

    └cnvkit/                         ：4) parabricks cnvkitとオリジナルのcnvkitの結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}-scatter.png
            └{サンプル名}-diagram.pdf

    └fastqc/                         ：5) fastqcの結果一覧
        └'index.html'

    └qc/                         
        └CollectMultipleMetrics/     ：6) CollectMultipleMetrics結果
            └{サンプル名}/
                └{サンプル名}.*_metrics
                └{サンプル名}.*.pdf
        └bammetrics/                 ：7) parabricks bammetrics結果
            └{サンプル名}/
                └{サンプル名}.metrics.txt
        └fastqc/                     ：8) fastqc結果
            └fastqc/ 
                └{サンプル名}
                    └*.html
        └'multiqc_report.html'       ：9) MultiQC結果

    └ITD/                            ：10) ITD Assembler結果
        └{サンプル名}/
            └post_processing/
                └'results_final.txt'

    └gridss/                         ：11) GRIDSS結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.gridss.vcf.gz
            └{サンプル名}.gridss.annotated.vcf
            └{サンプル名}.gridss.simple.bed

    └manta/
        └{解析の種類}/               ：12) Manta結果
            └{サンプル名の組み合わせ}/
                └results/
                    └variants/
                        └'candidateSV.vcf.gz' 
                        └'diploidSV.vcf.gz'
                        └'somaticSV.vcf.gz'

    └mutation/                       ：13) GenomonFisher結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.genomon_mutation.result.txt
            └{サンプル名}.genomon_mutation.result.filt.txt

    └sv/                             ：14) GenomonSV結果   
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.genomonSV.result.txt
            └{サンプル名}.genomonSV.result.filt.txt

    └msisensor/                      ：15) MSIsensor-pro結果 
        └{サンプル名}/
            └tumor_normal

    └haplotype/                      ：16) parabricks haplotypecaller結果 
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.autosome.g.vcf.gz
            └{サンプル名}.PAR.g.vcf.gz
            └{サンプル名}.chrX_female.g.vcf.gz
            └{サンプル名}.chrX_male.g.vcf.gz
            └{サンプル名}.chrY.g.vcf.gz

    └ngscheckmate/                   ：17) NGSCheckMate結果
            └output_matched.txt

    └facets/                         ：18) FACETS結果
            └{サンプル名}/
                └{サンプル名}.out.png
                └{サンプル名}.out.purity.tsv

    └cnvkit_compare/                 ：19) CNVkit結果
            └{サンプル名}/
                └{サンプル名}-scatter.png
                └{サンプル名}-diagram.pdf
    └mimcall/                        ：20) MIMcall結果
            └result.txt
            └{サンプル名}/
                └{サンプル名}.MIMcall.txt

    └chord/                          ：21) CHORD結果
            └result.tsv
            └{サンプル名}/
                └{サンプル名}.txt

    └virus_count/                    ：22) Virus count結果
            └{サンプル名}/
                └{サンプル名}.virus_count.txt

    └survirus/                       ：23) SurVirus結果
            └{サンプル名}/
                └{ウイルス名}
                    └results.remapped.t1.txt

    └hyperclust/                     ：24) hyperClust結果
            └{サンプル名}/
                    └{サンプル名}_strandClonality_plot.pdf

    └hyperclust/                     ：25) scarHRD結果
            └{サンプル名}/
                    └scarhrd/
                         └{サンプル名}.ascat.scarHRD.result.txt
                         └{サンプル名}.facets.scarHRD.result.txt

    └cgppindel/                      ：26) cgpPindel結果   
            └{サンプル名}/
                     └{Tumorサンプル名}_vs_{Normalサンプル名}.vcf.gz 
                     └{Tumorサンプル名}_vs_{Normalサンプル名}.pindel.flagged.vcf.gz

    └strelka/                        ：27) parabricks strelkaまたはStrelka2結果
      └{サンプル名の組み合わせ}.strelka_work/
          └results/
                └variants/
                    └'somatic.indels.vcf.gz'
                    └'somatic.snvs.vcf.gz'

    └battenberg/                     ：28) Battenberg結果
            └{サンプル名}/
                    └{サンプル名}_subclones.txt
                    └{サンプル名}_rho_and_psi.txt

    └config/                         ：29) Other
    └log/
    └work/