HRDの検出
===================

| 他のツールの解析結果をもとにHRD( 相同組換え修復欠損 )を検出します。
| 

LOH score
^^^^^^^^^^^^

|
| sequenzaが推定したAアレルの数とBアレルの数をもとにsegmentがLOHか判断します。
| (AアレルかBアレルのどちらか一方のみが0のときLOHとします。)
| LOHであるsegment(chr17以外、15Mb以上)の数をLOH scoreとします。
| https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3493866/ を参考にしてください
|

CHORD
^^^^^^^^^^^^

| 
| parabricks mutectcaller({サンプル名}.mutect.filtered.vcf.gz)と
| gridss({サンプル名}.high_and_low_confidence_somatic.gridss.vcf.bgz)から
| FILTERカラムがPASSの変異を抽出して、CHORDでHRDを予測します。
|
| このパイプラインではCHORDの結果をresults.tsvとしてまとめています。
| https://github.com/UMCUGenetics/CHORD を参考にしてください。


scarHRD
^^^^^^^^^^^^

|
| FACETSまたはascatNGS(hyperClustの実行のために組み込まれています)の結果をもとに
| HRDのレベルを決定します。
|
| https://github.com/sztup/scarHRD を参考にしてください。