hypermutationの検出
===================

| 生成したbamファイルをもとにhypermutationを検出します。
| 

hyperClust
^^^^^^^^^^^^

| intermutational distanceをオリジナルのデータとランダム化されたデータの2種類からそれぞれ算出した後、
| 2つのintermutational distanceを比較することでsomatic local hyper-mutationを検出します。

.. note::

  **csvのgender**

  | genderでLを設定した場合はcnvkit_compareで予測した性別を使います。

.. note::

  **modified**

  | githubに公開されているコードをもとに手元で動くように修正しました。
  | hyperClustはhg19をもとに開発されているので注意してください。

.. csv-table:: 出力ファイル一覧
  :header: ファイル名, 説明
  :widths: 7, 7

  {サンプル名}_strandClonality_plot.pdf, intermutational distanceを比較します。 

| hyperClustについては
| https://github.com/davidmasp/hyperclust
| https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7610516/
| を参考にしてください。