MSIの検出
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| 生成した bam ファイルをもとにMSI( マイクロサイト不安定性 )を検出します。
| 

MSIsensor-pro
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| MSIsensorはtumorサンプルとnormalサンプルからMSIを検出しますが
| MSIsensor-proはtumorサンプルだけを用いてMSIを検出します。
|

| MSIsensorについては
| https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24371154/
| MSIsensor-proについては
| https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
| を参考にしてください。

.. note::

  **configureファイル**

  | /home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/msisensor/baseline.bam.configure
  | はテスト用のデータです。適宜修正してください。

.. note::

  **Fix to avoid igf divergence and replace approx_gamma with tgamma**

  | このパイプラインでは
  | https://github.com/ntanaka1984/msisensor-pro/tree/fix_gamma_function_calculation
  | をmsisensor-proとして使っています。

MIMcall
^^^^^^^^^^^^^^^^^

| MIMcallはマイクロサテライト(MS)領域から体細胞性indelを検出します。
|
| MIMcallでのMSI検出については
| https://genome.cshlp.org/content/early/2020/03/16/gr.255026.119 を
| 参考にしてください。

.. csv-table:: 出力ファイル
  :header: ファイル名, 説明
  :widths: 7, 7 

  result.txt, MSの変異率

.. csv-table:: GPOS2RPOS_READ_F.pl
   :header: オプション, 説明
   :widths: 6, 6

   MQ, MAPQの最小値
   LL, ペアリード間の距離の最小値
   ML, ペアリード間の距離の最大値
   FL, flanking lengthの最小値
   SL, softclip regionの長さの最小値
   BQ, softclip regionの平均base qualityの最小値
   ISN, リードにおけるindelとsoftclipの最大数
   SW, "1以上の値を設定した場合、 softclip regionのあるリードのSmith-Waterman alignmentを行う"
   GO, Smith-Waterman alignmentのGap open penalty
   GE, Smith-Waterman alignmentのGap extension penalty

.. csv-table:: GPOS2RPOS.BLOOD.READ_F.pl
   :header: オプション, 説明
   :widths: 6, 6

   MQ, MAPQの最小値
   LL, ペアリード間の距離の最小値
   ML, ペアリード間の距離の最大値
   FL, flanking lengthの最小値
   SL, softclip regionの長さの最小値
   BQ, softclip regionの平均base qualityの最小値
   SW, "1以上の値を設定した場合、 softclip regionのあるリードのSmith-Waterman alignmentを行う"
   GO, Smith-Waterman alignmentのGap open penalty
   GE, Smith-Waterman alignmentのGap extension penalty

.. csv-table:: MIM_CALLER.pl
   :header: オプション, 説明
   :widths: 6, 6

   BD, 正常サンプルのdepthの最小値
   CD, がんのサンプルのdepthの最小値
   BL, 正常サンプルのLikelihood value
   CL, がんのサンプルのLikelihood value
   ER, error rate matrixのパス
   VAF, VAFの最小値
   BN, 正常サンプルのmutant readsの最大値
   CN, がんのサンプルのmutant readsの最小値

.. note::

  **速度向上**

  | このパイプラインでは藤本先生の改良版
  | (/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/singularity/mimcall/fujimoto.txt)
  | のプログラミング的に無駄に計算している部分を省くことで
  | さらに3倍程度速くなっています。