CNVKIT
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| parabricks cnvkitの使い方です。
| 下のようにジョブスクリプトを記入します。
| GPUノードへのジョブの投げ方は `https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Parabricks_パイプラインの使い方 <https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Parabricks_パイプラインの使い方>`_ を参考にしてください。
| parabricksについては https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/v3.5/index.html を参考にしてください。

.. code-block:: bash 
  :caption: cnvkit.sh

  #!/bin/bash
  #$ -S /bin/bash
  #$ -cwd


  
  export PATH="/usr/local/package/python/3.6.5/bin":$PATH
  source /etc/profile.d/modules.sh

  module use /opt/parabricks/modulefiles/
  module load parabricks_pipeline/3.2.0.2
  
  pbrun version

  pbrun cnvkit  --tmp-dir     /work/  \
                --ref         Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
                --output-dir  output_dir  \
                --in-bam      tumor.bam 

| module load することでparabricks v3.2.0.2を使える状態にします。

.. code-block:: bash
     
  module use /opt/parabricks/modulefiles/
  module load parabricks_pipeline/3.2.0.2

| parabricks のバージョンを出力します。

.. code-block:: bash

  pbrun version

| pbrun cnvkitを実行することでコピー数変異を検出します。

.. code-block:: bash

  pbrun cnvkit  --tmp-dir     /work/  \
                --ref         Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
                --output-dir  output_dir  \
                --in-bam      tumor.bam 


.. csv-table:: オプション
   :header: オプション, 説明
   :widths: 6, 6

   ``--tmp-dir``, 一時データ領域のパスを設定します。
   ``--ref``, リファレンスゲノムのパスを設定します。
   ``--in-bam``, 入力するbamファイルのパスを設定します。
   ``--output-dir``, 出力先のフォルダのパスを設定します。