DEEPVARIANT
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| parabricks deepvariantの使い方です。
| 下のようにジョブスクリプトを記入します。
| GPUノードへのジョブの投げ方は `https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Parabricks_パイプラインの使い方 <https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Parabricks_パイプラインの使い方>`_ を参考にしてください。
| parabricksについては https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/v3.5/index.html を参考にしてください。

.. code-block:: bash 
  :caption: deepvariant.sh

  #!/bin/bash
  #$ -S /bin/bash
  #$ -cwd


  
  export PATH="/usr/local/package/python/3.6.5/bin":$PATH
  source /etc/profile.d/modules.sh

  module use /opt/parabricks/modulefiles/
  module load parabricks_pipeline/3.2.0.2
  

  pbrun deepvariant   --tmp-dir       /work/ \
                      --in-bam        tumor.bam  \
                      --ref           Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
                      --num-gpus      8 \
                      --interval      1:10000-103863906 \
                      --interval      X:60000-155260560 \
                      --out-variants  output.vcf 

| module load することでparabricks v3.2.0.2を使える状態にします。

.. code-block:: bash
     
  module use /opt/parabricks/modulefiles/
  module load parabricks_pipeline/3.2.0.2

| pbrun deepvariantを実行することでSNVを検出します。

.. code-block:: bash

  pbrun deepvariant   --tmp-dir       /work/ \
                      --in-bam        tumor.bam  \
                      --ref           Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
                      --num-gpus      8 \
                      --interval      1:10000-103863906 \
                      --interval      X:60000-155260560 \
                      --out-variants  output.vcf 

.. csv-table:: オプション
   :header: オプション, 説明
   :widths: 6, 6

   ``--tmp-dir``, 一時データ領域のパスを設定します。
   ``--ref``, リファレンスゲノムのパスを設定します。
   ``--in-bam``, サンプルのbamファイルのパスを設定します。
   ``--num-gpus``, 使うGPU数を設定します。 
   ``--interval``, 何番染色体のどの区間から変異コールするかを設定します。
   ``--out-variants``,  vcfファイルを出力する先のパスを設定します。