FQ2BAM
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| parabricks fq2bamの使い方です。
| 下のようにジョブスクリプトを記入します。
| GPUノードへのジョブの投げ方は `https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Parabricks_パイプラインの使い方 <https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Parabricks_パイプラインの使い方>`_ を参考にしてください。
| parabricksについては https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/v3.5/index.html を参考にしてください。

.. code-block:: bash 
  :caption: fq2bam.sh

  #!/bin/bash
  #$ -S /bin/bash
  #$ -cwd


  
  export PATH="/usr/local/package/python/3.6.5/bin":$PATH
  source /etc/profile.d/modules.sh

  module use /opt/parabricks/modulefiles/
  module load parabricks_pipeline/3.2.0.2
  
  pbrun version

  pbrun fq2bam --tmp-dir               /work/  \
               --ref                   Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
               --in-fq                 Data/sample_1.fq Data/sample_2.fq  @RG\tID:sample\tLB:dna\tPL:Illumina\tSM:sample\tPU:dna \
               --num-gpus              8 \
               --out-duplicate-metrics sample.metrics \ 
               --out-bam               output.bam

| module load することでparabricks v3.2.0.2を使える状態にします。

.. code-block:: bash
     
  module use /opt/parabricks/modulefiles/
  module load parabricks_pipeline/3.2.0.2

| parabricks のバージョンを出力します。

.. code-block:: bash

  pbrun version

| pbrun fq2bamを実行することでマッピングします。

.. code-block:: bash

  pbrun fq2bam --tmp-dir               /work/  \
               --ref                   Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
               --in-fq                 Data/sample_1.fq Data/sample_2.fq  @RG\tID:sample\tLB:dna\tPL:Illumina\tSM:sample\tPU:dna \
               --num-gpus              8 \
               --out-duplicate-metrics sample.metrics
               --out-bam               output.bam

.. csv-table:: オプション
   :header: オプション, 説明
   :widths: 6, 6

   ``--tmp-dir``, 一時データ領域のパスを設定します。
   ``--ref``, リファレンスゲノムのパスを設定します。
   ``--in-fq``, ペアエンドリードのfastqファイルのパスを設定します。read groupをつけることもできます。
   ``--num-gpus``, 使うGPU数を設定します。 
   ``--out-duplicate-metrics``, duplicate metrics fileを出力する先のパスを設定します。
   ``--out-bam``,  bamファイルを出力する先のパスを設定します。