クオリティチェック
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| シークエンシング結果 ( fastqファイル ) がどれだけ信頼できるか調べます。
| 

Fastqc
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| fastqcはfastqファイルをもとにクオリティを調べます。
| このパイプラインでは複数のfastqcの結果を一覧にして見ることができます。
| scpコマンドを使って自分のpcに
| {出力ルートディレクトリ}/
|     └fastqc/
|     └qc/
| をフォルダごとダウンロードしてから{出力ルートディレクトリ}/fastqc/index.htmlを開きます。( :ref:`scp` )
|
| ファイルを開くと複数のfastqcの結果が一覧になっています。
| 左上の矢印をクリックすることでページを移動することができます。
| Filenameカラムのfastqファイル名をクリックすると実際にfastqcが出力したhtmlファイルを開きます。
|
| クオリティスコアはベースコールの時にエラーが起こる確率を予測したものです。
| https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ を参考にしてください。

PARABRICKS BAMMETRICS
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| マッピングした後のbamファイルをもとにcoverageやWGSのパフォーマンスについての
| metricsを計算します。

CollectWgsMetrics(GATK)
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| マッピングした後のbamファイルをもとにcoverageやWGSのパフォーマンスについての
| metricsを計算します。

CollectMultipleMetrics(Picard)
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| マッピングした後のbamファイルをもとに複数のクラスのmetricsを計算します。

.. csv-table:: 
   :header: モジュール名, 説明
   :widths: 6, 6

   CollectAlignmentSummaryMetrics, アラインメントのクオリティなど
   CollectInsertSizeMetrics, insert size(シークエンシングするときにアダプター間に挿入されたDNAのサイズ)の分布など
   QualityScoreDistribution, クオリティスコアの分布など
   MeanQualityByCycle, リードでの位置ごとのクオリティスコアの平均
   CollectBaseDistributionByCycle, リードでの位置ごとの塩基の分布

| https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360036510492-CollectMultipleMetrics-Picard- を参考にしてください。