リリースノート
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CaGMeJ3.0.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| DNAパイプライン設定ファイルでCRAMファイルを設定できるようにしました。
| hyperClustの実行に関係なく、ascatNGSを単独で実行できるようにしました。
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| OS8検証ノード(os8.q)で動作するようにパイプラインを修正しました。
|
| ファイルシステム関連のエラーに対応するようにfacetsを改変しました。
| Strelka2を追加しました。
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| scarHRDのジョブスクリプトを修正しました。
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| htseqのオプションをパイプライン設定ファイルから設定できるようにしました。

CaGMeJ2.8.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| parabricks mutectcaller, parabricks deepvariantの出力したvcfに対して
| VEPでアノテーションできるようにしました。
|
| parabricks mutectcaller, parabricks haplotypecaller, parabricks deepvariantの出力したvcfに対して
| md5sumを実行するようにしました。(annovarの出力するvcfでもmd5sumを実行します。)
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| cgpPindelを追加しました。
| scarHRDを追加しました。
| fusionfusionにおいてGENCODEのみを参照して遺伝子名のアノテーションをするようにしました。
| battenbergを追加しました。
| parabricks strelkaを追加しました。
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| FilterMutectCallsを実行するときのJAVA_TOOL_OPTIONSを設定できるようにしました。

CaGMeJ2.7.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| DNA解析にhyperclustを追加しました。
| fusionfusionの中間ファイルのサイズが0のとき、正常終了するようにしました。
| parabricksのmodulefileパスを設定できるようにしました。

CaGMeJ2.6.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。

| DNA解析でBAMをCRAMに変更できるようにしました。
| (md5sumコマンドで求めたハッシュ値をcram.md5とcram.crai.md5に保存します。)
| Genomon Mutationのmutfilter realignmentを高速化したmutfilter_realignment.py
| を追加しました。
| FilterMutectCallsのヒープサイズを修正しました。

CaGMeJ2.5.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| DNA解析にSurVirusを追加しました。

CaGMeJ2.4.1
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| facetsの出力結果であるout.purity.tsvがNAのとき
| cnvkit_compare_purityをスキップするようにしました。


CaGMeJ2.4.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。

| ウイルスを検出する機能を加えました。
| cnvkit.py call(腫瘍率による補正)を加えました。

CaGMeJ2.3.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| RNA解析にGenomon ExpressionとGenomon Fusionを追加しました。
| parabricks haplotypecallerの結果にもannovarでアノテーションできるようにしました。
| facets(v0.6.2)のバグを修正しました。
| NCM_pileupで出力されたvcfのレコード数が0のとき止まるようにしました。

CaGMeJ2.2.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。

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| RNA解析でもNGSCheckMateを使えるようにしました。
| genomon_mutation_call.sh上でなくgenomon_mutation_merge.sh上でannovarを実行するようにしました。
|

CaGMeJ2.1.1
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。

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| MIMcallでMSの変異率を出力するようにしました。
| github上でパイプラインのソースコードを管理できるようにしました。
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CaGMeJ2.1.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。

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| gatk CollectWgsMetricsを追加しました。
| DNAパイプライン設定ファイルで
| parabricks_bammetrics_enableかCollectWgsMetrics_enableのどちらか一方のみをtrueにしてください。

CaGMeJ2.0.2
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| ファイルシステム関連のエラーに対応するようにfacets, annovar, gridssのジョブスクリプトとfacetsのsnp-pileupを修正しました。
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CaGMeJ2.0.1
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。

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| gridssのアセンブリを ``--jobindex`` と ``--jobnodes`` を使ってジョブ並列化しました。
| gridssで ``--workdir`` を設定できるようにしました。(DNAパイプライン設定ファイルのgridss_assembly_nodeを1に設定してください。)
| Genomon SVを高速化しました。
| NXF_OPTSを設定できるようにしました。
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CaGMeJ2.0.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| RNA解析を追加しました。
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| サンプル設定ファイルで
| fastqファイルの分割数を固定で対応していたのを可変にしました。
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CaGMeJ1.6.1
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| Genomon Mutation(controlpanelなし), Genomon SV(controlpanelなし), 
| pmsignature, GenomonPostAnalysis, paplotのイメージファイルを作成し、
| nextflow上で実行できるようになっています。
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| サンプル設定ファイルで
| 18分割のfastqファイルでなく30分割のfastqファイルを
| 入力できるようにしました。

CaGMeJ1.6.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| CHORDを追加しました。
| サンプル設定ファイルのCNVkitについて性別不明の場合も設定できるようにしました。


CaGMeJ1.5.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| MIMcallとCNVkitを追加しました。
| サンプル設定ファイルでGRIDSSを別で設定できるようにしました。

CaGMeJ1.4.0
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  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| NGSCheckMateとfacetsを追加しました。
| MultiQCのGeneral Statisticsを変更しました。
| MSIsensor-proを変更しました。

CaGMeJ1.3.1
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.. attention::

  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| parabricks haplotypecallerの出力するファイル(vcf, gvcf)をbgzipとtabixで処理するようにしました。
| msisensor-pro, sequenza, itdassemblerのジョブスクリプト内で使われているツールをsingularity内で実行するようにしました。
| parabricks mutectcallerとparabricks deepvariantでinterval listを使わないようにしました。
| nextflowの-resumeオプションが使えるようにcsvファイルを作成しないオプションを作りました(-r/--resume)
| Mantaのgermline解析を実装しました。


CaGMeJ1.3.0
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.. attention::

  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| parabricks haplotypecallerの機能を追加しました。
| fastqc, parabricks mutectcaller, gridss, mantaのジョブスクリプト内で使われているツールをsingularity内で実行するようにしました。(parabricks fq2bamは変更なし。)
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CaGMeJ1.2.0
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.. attention::

  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| sequenzaの機能を追加しました。
| MSIsensor-proの機能を追加しました。
| LOH scoreを算出するようにしました。

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CaGMeJ1.1.1
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.. attention::

  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| サンプル設定ファイルで
| 4分割のfastqファイルでなく18分割のfastqファイルを
| 入力できるようにしました。

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CaGMeJ1.1.0
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.. attention::

  | パイプライン設定ファイル (.cfg) を変更しました。
  | サンプル設定ファイル(.csv)を変更しました。

| Annovarの機能を追加しました。
| マッピング時にRGを設定できるようにしました。