マッピング
===================



| マッピングではリファレンスゲノムのデータ ( GRCh38など ) をもとに
| シーケンサーから得られたリードデータ ( fastqファイル ) が
| 何番染色体のどの位置に該当するかを計算します。
| このパイプラインではSTARがマッピングを計算するためのツールになります。

.. note::

  **リファレンスゲノム**

  | RNA解析で使っているリファレンスゲノムは
  | DNA解析と同じ
  | /home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/GRCh38/Homo_sapiens_assembly38.fasta
  | です。


|
| 出力結果はbamファイルとして生成します。
| bam ファイルは圧縮ファイルのため
| そのままでは見ることができないので、
| samtools を使う必要があります。
| samtools と less を使うことで見ることができます。( :ref:`less` )


.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$module use /usr/local/package/modulefiles
  [username@gc016 ~]$module load samtools
  [username@gc016 ~]$samtools view test.bam | less
  
| samファイルをlessコマンドで見るとマッピングされていることがわかります。( :ref:`less` )

| samファイルやbamファイルについては https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf を参考にしてください。