RNAパイプライン設定ファイルについて ======================================= .. code-block:: bash executor.queueSize = 500 process.executor = 'uge' process.penv = 'def_slot' process.errorStrategy = 'retry' process.maxRetries = 2 params { container_bindpath = '/cshare1,/home,/share,/rshare1' container_bin = 'singularity' container_module_file = 'singularity/3.7.0' genome_lib_dir = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/RNA/GRCh38_gc_gencode_v37_CTAT_lib_Mar012021/ctat_genome_lib_build_dir/ref_genome.fa.star.idx' ref_fa = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/GRCh38/Homo_sapiens_assembly38.fasta' sleep_time = '10s' //fastqc fastqc_enable = true fastqc_option = '--nogroup' per_page = '8' //star star_option = '--outSAMstrandField intronMotif \ --outSAMunmapped Within \ --alignMatesGapMax 500000 \ --alignIntronMax 500000 \ --alignSJstitchMismatchNmax -1 -1 -1 -1 \ --outSJfilterDistToOtherSJmin 0 0 0 0 \ --outSJfilterOverhangMin 12 12 12 12 \ --outSJfilterCountUniqueMin 1 1 1 1 \ --outSJfilterCountTotalMin 1 1 1 1 \ --chimSegmentMin 12 \ --chimJunctionOverhangMin 12 \ --chimOutType Junctions \ --chimOutJunctionFormat 1 \ --readFilesCommand gunzip -c \ --runThreadN 8 \ --outSAMtype BAM Unsorted' //star fusion star_fusion_enable = true //NGSCheckMate ngscheckmate_enable = true NCM_mpileup_option = '' NCM_bed = '/NGSCheckMate-master/SNP/SNP_GRCh38_hg38_wChr.bed' //samtools sort expression_analysis_enable = true //htseq gtf_file = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/RNA/GRCh38_gc_gencode_v37_CTAT_lib_Mar012021/ctat_genome_lib_build_dir/ref_annot.gtf' //deseq2 geneset = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/RNA/geneset' pseudo_count = 'True,1,20' //genomon fusion genomon_fusion_enable = true fusion_refGene_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna_star_fusion_gencode_v37/chr_refGene.bed.gz' fusion_ensGene_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna_star_fusion_gencode_v37/chr_ensGene.bed.gz' fusion_refExon_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna_star_fusion_gencode_v37/chr_refExon.bed.gz' fusion_ensExon_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna_star_fusion_gencode_v37/chr_ensExon.bed.gz' fusionfusion_option = "--grc --ens_gene_only --ens_exon_only" fusion_utils_filt_option = "--filter_same_gene --grc --ens_gene_only --ens_exon_only" //genomon expression genomon_expression_enable = true expression_refExon_ex_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna/chr_refExon_ex.bed.gz' genomon_expression_option = "--grc" } process { withName: fastqc_check { cpus = 1 maxForks = 500 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=7G ' } withName: make_fastqc_list { cpus = 1 maxForks = 1 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=5G ' } withName: star { cpus = 8 maxForks = 500 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=5G' } withName: star_fusion { cpus = 1 maxForks = 500 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=16G ' } withName: NCM_pileup { cpus = 1 maxForks = 500 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=7G' } withName: NCM_run { cpus = 1 maxForks = 500 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=7G' } withName: htseq { cpus = 1 maxForks = 500 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=16G' } withName: deseq2 { cpus = 1 maxForks = 500 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=16G' } withName: genomon_fusion { cpus = 1 maxForks = 100 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=10G' } withName: genomon_expression { cpus = 1 maxForks = 100 clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=10G' } } ジョブで実行するツールの設定 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ .. csv-table:: configの設定 :header: 項目, 説明 container_bindpath, コンテナに設定するbindpath container_bin, コンテナを実行するためのexeファイル container_module_file, コンテナを実行するためのexeファイルのmodulefile genome_lib_dir, genome resource libraryの絶対パスを設定します。 ref_fa, リファレンスファイルのパスを設定します fastqc_enable, trueの場合fastqcを実行する。 per_page, 1ページあたりに載せるfastqcの結果の数 star_option, STARのオプションを設定します。 star_fusion_enable, trueの場合STAR-Fusionを実行します。 ngscheckmate_enable, "trueの場合, NGSCheckMateを実行します" NCM_mpileup_option, NGSCheckMateで使うsamtools mpileupのオプションを設定します NCM_bed, NGSCheckMateで使うsamtools mpileupに設定するbedファイルのパス expression_analysis_enable, trueの場合発現解析を行います。 gtf_file, アノテーションファイルの絶対パスを設定します。 geneset, 発現解析で使うgenesetのあるフォルダの絶対パスを設定します。 pseudo_count, すべてのサンプルのすべての遺伝子のリードカウント数に1を加えます。 genomon_fusion_enable, "trueの場合, Genomon Fusionを実行します" fusion_refGene_bed, Genomon Fusionに必要なbedファイルを設定します。 fusion_ensGene_bed, Genomon Fusionに必要なbedファイルを設定します。 fusion_refExon_bed, Genomon Fusionに必要なbedファイルを設定します。 fusion_ensExon_bed, Genomon Fusionに必要なbedファイルを設定します。 fusionfusion_option, fusionfusionのオプションを設定します。 fusion_utils_filt_option, fusion_utilsのオプションを設定します。 genomon_expression_enable, "trueの場合, Genomon Expressionを実行します" expression_refExon_ex_bed, Genomon Expressionに必要なbedファイルを設定します genomon_expression_option, Genomon Expressionのオプションを設定します。 | 設定を変更するときは「=」の右側の文字を書き換えてください。 | | 例えば .. code-block:: bash fastqc_enable = true | の場合はtrue .. code-block:: bash fastqc_enable = false | の場合はfalseを設定したことになります。 | | | | **pseudo_count** はすべてのサンプルのすべての遺伝子のリードカウント数に1を加えます。 | 例えば .. code-block:: bash pseudo_count = 'True,1,20' | の場合は1を加えた後、サンプル間での平均が **1** 以下の遺伝子とサンプル間での最大カウント数が **20** 以下の遺伝子を除去します。 .. code-block:: bash pseudo_count = 'False,1,20' | の場合はリードカウント数に1を加えません。 .. note:: | どの遺伝子も少なくとも1つのサンプルについてカウント数が0の場合、Deseq2は動きません。every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric meansというエラーが出力されます。そのエラーを回避するためのオプションです | | **geneset** は発現解析で使うgenesetのあるフォルダの絶対パスを設定します。 | | 例えばcurrent_dir/test.txtがgenesetの絶対パスだとするとファイルには .. code-block:: bash [username@gc016 ~]$ cat current_dir/test.txt ABL1,CEBPA,HRAS | のようにカンマ区切りでgene_nameが書かれています。この場合、genesetにはcurrent_dirを設定します。 | | **gtf_file** はアノテーションファイルの絶対パスを設定します。