RNAサンプル設定ファイルについて
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項目は5種類あります．

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| [fastq]              | FASTQファイルを入力として解析します          |
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| [bam_import]         | BAMファイルを入力として解析します            |
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| [expression]         | 発現解析が実行されます                       |
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| [fusion]             | 融合遺伝子の検出が実行されます               |
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| [genomon_expression] | 発現解析が実行されます                       |
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| [genomon_fusion]     | 融合遺伝子の検出が実行されます               |
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| [controlpanel]       | 正常なサンプルのグループを定義します         |
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| [tumorpanel]         | がんのサンプルのグループを定義します         |
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[fastq]の記載方法
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| {サンプル名}
| {fastqファイル1_1},{fastqファイル1_2},{RG1 (read group情報)}
| {fastqファイル2_1},{fastqファイル2_2},{RG2 (read group情報)}
| のように分割されたfastqファイルのパスを記入してください。
| 区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
| サンプル名は自分で自由に決められます。
| 他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
| fastqファイル1とfastqファイル2にはペアエンドリードのfastqファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは/homeから始まるパスになります。 ( :ref:`pwd` )
| RG(read group情報)はSTARで使います。

.. code-block:: bash

  [fastq]
  tumor1
  /home/username/tumor10_1.fq,/home/username/tumor10_2.fq,ID:tumor1.flowcel.lane0.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:tumor1\tPU:flowcel.lane0.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio
  /home/username/tumor11_1.fq,/home/username/tumor11_2.fq,ID:tumor1.flowcel.lane1.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:tumor1\tPU:flowcel.lane1.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio
  tumor2
  /home/username/tumor2_1.fq,/home/username/tumor2_2.fq,ID:tumor2.flowcel.lane0.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:tumor2\tPU:flowcel.lane0.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio
  normal1
  /home/username/normal1_1.fq,/home/username/normal1_2.fq,ID:normal1.flowcel.lane0.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:normal1\tPU:flowcel.lane0.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio
  normal2
  /home/username/normal2_1.fq,/home/username/normal2_2.fq,ID:normal2.flowcel.lane0.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:normal2\tPU:flowcel.lane0.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio

|  ここに記入したfastqファイルをマッピングしてbamファイルを出力します。

[bam_import]の記載方法
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| {サンプル名},{bamファイル1}のように記入してください。
| 区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
| サンプル名は自分で自由に決められます。
| 他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
| bamファイルにはbamファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは/homeから始>まるパスになります。 ( :ref:`pwd` )
| bamファイルと同じフォルダにChimeric.out.junctionファイルも置いてください。

.. code-block:: bash

  [bam_import]
  tumor,/home/username/tumor.bam
  normal,/home/username/normal.bam


[fusion]の記載方法
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| [fastq]で設定したサンプル名を使って融合遺伝子検出のツールに渡すChimeric.out.junctionファイルを設定します。 

.. code-block:: bash

  [fusion]
  tumor1
  tumor2

[expression]の記載方法        
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| [tumorpanel]や[controlpanel]で設定したパネル名を使って発現変動遺伝子を検出するツールに渡すグループを設定します。
| tumor_group,control_groupのようにカンマ区切りで記載してください。
| tumor_groupだけの場合はtumor_group,Noneと記載してください。

.. code-block:: bash

  [expression]
  tumor_group,control_group
  tumor_group,None

[genomon_fusion]の記載方法
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| [fastq]で設定したサンプル名を使ってGenomon Fusionに渡すChimeric.out.samファイルを設定します。

.. code-block:: bash

  [genomon_fusion]
  tumor1
  tumor2

[genomon_expression]の記載方法
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

| [fastq]で設定したサンプル名を使ってGenomon Expressionに渡すbamファイルを設定します。

.. code-block:: bash

  [genomon_expression]
  tumor1
  tumor2

[tumorpanel]の記載方法
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| パネル名の右隣にがんのサンプルの名前を複数記載します。
| 区切り文字は,(カンマ)を使います。
| 指定するサンプル数に制限はないです。
| サンプル名は[fastq]で定義したものを使います。
| パネル名は任意で指定できますが，重複することはできません。

.. code-block:: bash

  [tumorpanel]
  tumor_group,tumor1,tumor2

[controlpanel]の記載方法
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| パネル名の右隣に正常なサンプルの名前を複数記載します。
| 区切り文字は,(カンマ)を使います。
| 指定するサンプル数に制限はないです。
| サンプル名は[fastq]で定義したものを使います。
| パネル名は任意で指定できますが，重複することはできません。

.. code-block:: bash

  [controlpanel]
  normal_group,normal1,normal2