ウイルスの検出
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| 生成したbamファイルをもとにサンプル内に含まれているウイルスを検出します。
| 

Virus count
^^^^^^^^^^^^

| bamファイルから抽出したunmappedのリードを
| bowtie2でウイルスのリファレンスゲノムにマッピングします。
| マッピングされたリード数をカウントします。
|

.. note::

  **リファレンスゲノム**

  | /home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/VIRUS/all.fa の
  | ヘッダ行(">"で始まる行)を参考にしてください。
  | GenBank, NCBI Reference SequenceのACCESSIONが記載されています。
  | 

.. csv-table:: 出力ファイル一覧
  :header: ファイル名, 説明
  :widths: 7, 7

  {サンプル名}.virus_count.txt, ウイルス名とカウント数

SurVirus
^^^^^^^^^^^^

| bamファイルをもとに
| ウイルスの遺伝子が宿主の染色体のどの位置に組み込まれているかを検出します。
|

.. note::

  **リファレンスゲノム**

  | survirus_db_dir/{ウイルスの名前}/{ウイルスの名前}.fa
  | survirus_db_dir/{ウイルスの名前}/{ヒトのリファレンスデータの名前}_{ウイルスの名前}.faとなるように
  | ウイルスのfastaファイルと
  | ウイルスとヒトのfastaファイルを結合したfastaファイルを置いてください。
  | altファイルがある場合はaltファイルも置いてください。

| SurVirusについては
| https://github.com/kensung-lab/SurVirus
| https://academic.oup.com/nar/article/49/6/e33/6097660
| を参考にしてください。