BCFTOOLS
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| 生成したbamファイルをもとにbcftoolsでコンセンサス配列をfastaファイルとして出力します。

.. csv-table:: 出力ファイル一覧
   :header: ファイル名, 説明
   :widths: 4, 4


   {サンプル名}.bcftools.consensus.fa, コンセンサス配列
   {サンプル名}.bcftools.vcf.gz, 圧縮されたvcfファイル
   {サンプル名}.bcftools.vcf.gz.csi, bcftools.vcf.gzのインデックスファイル
   lineage_report.csv,pangolinによるlineageの割り当て結果


pangolin
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| 生成したfastaファイルにpangolinを実行することでlineageを割り当てます。
|

.. note::

  **pangolinのアップデート**

  | pangolinで使われるlineage情報は逐次更新されます。
  | ( パイプライン内で使われているlineage情報は2021年5月11日時点での情報です。)
  |
  | pangolinをユーザー自身がインストールしなくても解析は可能ですが 
  | 最新のlineage情報で解析したい場合にはpangolinを自分のディレクトリにインストールし、
  | そのパスをパイプライン設定ファイルで指定する必要があります。( :ref:`pangolin` )

|
| pangolinについては
| https://cov-lineages.org/pangolin.html
| を参考にしてください。