Linux の基本操作
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.. _pwd:

絶対パスの確認方法
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| 絶対パスの確認の一例です。pwdコマンドで現在のフォルダのパスを確認できます。

.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$ pwd
  /home/username/current_dir

| lsコマンドでファイルの相対パスが確認できます。一番右に書いてあるData/test.fqが相対パスになります。

.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$ ls -l Data/test.fq
  -rw-r----- 1 username groupname 1805 11月 18 13:14 Data/test.fq

| ファイルが存在しない場合は下のようになります。他のフォルダにあったり、ファイル名を間違えたりしている可能性があります。

.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$ ls -l Data/test1_1.fq
  ls: Data/test1_1.fq にアクセスできません: そのようなファイルやディレクトリはありません
  
| この例だと絶対パスは現在のフォルダのパスとファイルの相対パスを合わせた/home/username/current_dir/Data/test.fqが絶対パスになります。

.. _scp:

ファイルのダウンロード方法
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| まずlogoutします。

.. code-block:: bash

  [username@gc013 ~]$logout
  Connection to gc016i closed.
  [A login node of SHIROKANE username@slogin2:~]$logout
  Connection to slogin.hgc.jp closed.

| scpコマンドを使ってダウンロードします。

.. code-block:: bash

  (base) username@MacBook-Pro ~ %scp username@slogin.hgc.jp:/home/username/current_dir/Data/test.fq ./

| フォルダごとダウンロードする場合はrオプションを使います。

.. code-block:: bash

  (base) username@MacBook-Pro ~ %scp -r username@slogin.hgc.jp:/home/username/current_dir/Data ./

.. _less:

テキストファイルを見る方法
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| lessコマンドで見ることができます。

.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$less Data/test.fq

| キーボードのq キーを押すとファイル閲覧を終了します。

.. _qreport:

ジョブの実行結果を確認する方法
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| qreportコマンドで見ることができます。
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| 例えば
| ジョブidが30657006の場合、
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| 下のコマンドを実行することでジョブの実行結果を確認できます。
| ジョブ終了直後は確認できませんので、
| 終了してから5分ほど経ってから確認してください。


.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$qreport -j 30657006