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| マッピングではリファレンスゲノムのデータ( NC_045512 )をもとに
| シーケンサーから得られたリードデータ( fastqファイル )が
| ウイルスゲノムのどの位置に該当するかを計算します。

.. note::

  **リファレンスゲノム**

  | このパイプラインで使っているリファレンスゲノム
  | ( /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/1.0.0/database/NC_045512/NC_045512.fasta ) は `NC_045512 の NC_045512.2 バージョン <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1798174254>`_ を使っています。

|
| このパイプラインではbwaでマッピングします。
| マッピングしたsamファイルはbiobambamで位置順に並び替えられた後、
| 重複リードがマークされます。


.. csv-table:: 出力ファイル一覧
   :header: ファイル名, 説明
   :widths: 7, 7


   {サンプル名}.markdup.bam, markduplicationしたbamファイル
   {サンプル名}.markdup.bam.bai, markdup.bamのインデックスファイル
   {サンプル名}.markdup.bam.md5, markdup.bamのチェックサムファイル
   {サンプル名}.markdup.metrics, markdup.bamのmetricsファイル


| bamファイルは圧縮ファイルのため
| そのままでは見ることができないので、
| samtoolsを使う必要があります。
| samtoolsとlessを使うことで見ることができます。( :ref:`less` )


.. code-block:: bash

  [username@gc016 ~]$module use /usr/local/package/modulefiles
  [username@gc016 ~]$module load samtools
  [username@gc016 ~]$samtools view test.bam | less


| samファイルやbamファイルについては https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 
| を参考にしてください。

| bwa については http://bio-bwa.sourceforge.net 
| biobambamについては https://github.com/gt1/biobambam
| を参考にしてください。