MUTATION CALL
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| 生成したbamファイルをもとにSNP ( 一塩基多型 ) や indel ( insertion / deletion ) を検出します。
|

.. csv-table:: 出力ファイル一覧
   :header: ファイル名, 説明
   :widths: 7, 7


   {サンプル名}.aa_change.tsv, mutation callの結果
   {サンプル名}.anno.vcf, snpEffでアノテーション付けをしたvcfファイル
   {サンプル名}.snpEff_genes.txt, snpEffのGene counts summary
   {サンプル名}.snpEff_summary.html, snpEffのHTML summary

|
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aa_change.tsv
^^^^^^^^^^^^^^

| GenomonFisherの結果をvcfフォーマットに変換した後、
| snpEffを実行します。anno.vcfのそれぞれの変異において複数のアノテーションから
| Effect sort orderが一番最初のものを出力します。 


.. csv-table:: 
   :header: カラム名, 説明
   :widths: 7, 7


   pos, コロナウイルスゲノムのどの位置に該当するかを示します。 
   ref, posにおけるリファレンスデータでの塩基
   alt, posにおけるサンプルデータでの塩基
   DP, depth ( 総リード数 )
   AD, 変異アレルのリード数
   VF, ミスマッチ率 ( = AD / DP )
   type, 変異の種類 ( snpEff の ANN field の Annotation )
   protein, タンパク質の名前 ( snpEff の ANN field の Gene Name )
   aa_change1, aa_change3 をアミノ酸1文字表記に変換したもの
   aa_change3, "| アミノ酸3文字表記で表したタンパク質の変異
   | ( snpEff の ANN field の HGVS.p の先頭の 'p.' 文字列を除いたもの )"

.. note::

  **snpEff のデータベース**

  | snpEff のデータベースは NC_045512.2 を使っています。
  | パイプライン設定ファイルによる変更はできません。

| vcfファイルはテキストファイルのため そのままで見ることができます。
| vcfファイルをlessコマンドで見るとSNPが検出されていることがわかります。( :ref:`less` )

| vcfファイルのフォーマットなどは https://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.1.pdf を見てください。

| GenomonFisherについては
| https://genomon.readthedocs.io/ja/latest/dna_results.html
| https://github.com/Genomon-Project/GenomonFisher
| https://supcom.hgc.jp/internal/materials/lect-pdf/20171030/Genomon2_Tutorial_1.pdf ( hgcのアカウントが必要です。)  
| を参考にしてください。

Reference
^^^^^^^^^^

| vcfフォーマットに変換するスクリプト( fisher_format )と
| aa_change.tsvを作成するスクリプト( covid_strain )では
| 以下のライブラリを使っています。

.. csv-table::
   :header: ライブラリ名, バージョン, 使い方
   :widths: 2, 2, 2


   biopython, biopython=1.78=py39h3811e60_2, conda
   pyvcf, pyvcf=0.6.8=py39hde42818_1002, conda