サンプル設定ファイルについて
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項目は6種類あります。

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| [fastq]         | FASTQファイルを入力として解析します               |
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| [bam_import]    | BAMファイルを入力として解析します                 |
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| [mutation_call] | 変異コールが実行されます                          |
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| [bcftools]      | コンセンサス配列が生成します                      |
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[fastq]の記載方法
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| {サンプル名},{fastqファイル1},{fastqファイル2}のように記入してください。
| 区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
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| サンプル名は自分で自由に決められます。
| 他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
|
| fastqファイル1とfastqファイル2にはペアエンドリードのfastqファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは/homeから始まるパスになります。 ( :ref:`pwd` )
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| 圧縮したfastqファイルでも動きます。
| 拡張子に.gzがついている場合、圧縮ファイルとして取り扱います。

.. code-block:: bash

  [fastq]
  covid1,/home/username/covid_1.fq,/home/username/covid_2.fq

|  ここに記入したfastqファイルをマッピングしてbamファイルを出力します。

[bam_import]の記載方法
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| {サンプル名},{bamファイル1}のように記入してください。
| 区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
|
| サンプル名は自分で自由に決められます。
| 他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
|
| bamファイルにはbamファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは/homeから始まるパスになります。 ( :ref:`pwd` )
| bamファイルと同じフォルダにbaiファイルを置いてください。

.. code-block:: bash

  [bam_import]
  covid,/home/username/covid.bam


[mutation_call]の記載方法
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| [fastq]で設定したサンプル名を使ってmutation callで使うbamファイルを設定します。
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.. code-block:: bash

  [mutation_call]
  covid1

[bcftools]の記載方法
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| [fastq]で設定したサンプル名を使ってbcftoolsに渡すbamファイルを設定します。
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.. code-block:: bash

  [bcftools]
  covid1