TRIMMOMATIC
===================


| シーケンサーから得られたリードデータ( fastqファイル )の
| フィルタリングを行います。
|
| このパイプラインではtrimmomaticでフィルタリングをします。


.. csv-table:: 出力ファイル一覧
   :header: ファイル名, 説明
   :widths: 2, 2


   {サンプル名}.paired_[1 | 2].fastq.gz, フィルタリング後にペアの両方に残ったもの
   {サンプル名}.unpaired_[1 | 2].fastq.gz, フィルタリング後にペアの片方だけに残ったもの


| 下流の処理では{サンプル名}.paired_[1 | 2].fastq.gzを使います。
|
| trimmomaticについては
| http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
| を参考にしてください。