パイプライン解析で出力されるファイルについて
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trimmomatic, align, mutation call, bcftools, VF_consensus, summary_excel の出力結果がそれぞれのフォルダに出力されます。

出力ディレクトリ階層
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.. code-block:: bash
  :caption: パイプライン解析結果
  
  {出力先ディレクトリ}
    └fastq/                          ：1) trimmomatic 結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.paired_1.fastq.gz
            └{サンプル名}.paired_2.fastq.gz

    └bam/                            ：2) align 結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.markdup.bam
            └{サンプル名}.markedup.bam.bai

    └mutation/                       ：3) mutation call 結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.aa_change.tsv
            └{サンプル名}.anno.vcf

    └bcftools/                       ：4) bcftools 結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.bcftools.consensus.fa
            └{サンプル名}.bcftools.vcf.gz
            └lineage_report.csv

    └VF_consensus/                   ：5) VF_consensus 結果
        └{サンプル名}/
            └{サンプル名}.vf.consensus.fa
            └{サンプル名}.vf.consensus.bam
            └{サンプル名}.vf.consensus.bam.bai

    └summary/                        ：6) summary_excel 結果
        └summary.xlsx
                 
    └config/                         ：7) Other
    └log/
    └work/