サンプル設定ファイルについて
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項目は6種類あります。

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| [fastq]         | FASTQ ファイルを入力として解析します              |
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| [bam_import]    | BAM ファイルを入力として解析します                |
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| [mutation_call] | 変異コールが実行されます                          |
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| [bcftools]      | コンセンサス配列が生成します                      |
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| [VF_consensus]  | VF_consensus が実行されます                       |
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[fastq]の記載方法
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| {サンプル名},{fastq ファイル1},{fastq ファイル2}のように記入してください。
| 区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
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| サンプル名は自分で自由に決められます。
| 他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
|
| fastq ファイル1と fastq ファイル2にはペアエンドリードの fastq ファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは /home から始まるパスになります。 ( :ref:`pwd` )
|
| 圧縮した fastq ファイルでも動きます。
| 拡張子に .gz がついている場合、圧縮ファイルとして取り扱います。

.. code-block:: bash

  [fastq]
  covid1,/home/username/covid_1.fq,/home/username/covid_2.fq

|  ここに記入した fastq ファイルをマッピングして bam ファイルを出力します。

[bam_import]の記載方法
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| {サンプル名},{bam ファイル1}のように記入してください。
| 区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
|
| サンプル名は自分で自由に決められます。
| 他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
|
| bam ファイルには bam ファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは /home から始まるパスになります。 ( :ref:`pwd` )
| bam ファイルと同じフォルダに bai ファイルを置いてください。

.. code-block:: bash

  [bam_import]
  covid,/home/username/covid.bam


[mutation_call]の記載方法
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| [fastq]で設定したサンプル名を使って mutation call で使う bam ファイルを設定します。
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.. code-block:: bash

  [mutation_call]
  covid1

[bcftools]の記載方法
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| [fastq]で設定したサンプル名を使って bcftools に渡す bam ファイルを設定します。
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.. code-block:: bash

  [bcftools]
  covid1

[VF_consensus]の記載方法
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| [fastq]で設定したサンプル名を使って VF_consensus に渡す bam ファイルを設定します。
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.. code-block:: bash

  [VF_consensus]
  covid1