解析結果確認
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このパイプラインは nextflow で書かれたワークフローです。
nextflow については https://www.nextflow.io を見てください。

report.htmlでの確認
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| report.html としてワークフローで実行したプロセスの実行結果を出力します。
| report.html ファイルは html ファイルなのでダウンロードしてブラウザで開いてみてください。 ( :ref:`scp` )

.. csv-table::
   :header: カラム名, 説明
   :widths: 3, 3

   native_id, SHIROKANE でのジョブidになります。
   status, COMPLETED の場合はそのプロセスは成功です。
   hash, project_dir/work 内のどのフォルダにそのジョブの標準出力や標準エラーなどが含まれるか示します。

| 例えば
| hash が aa/430eb6 の場合は
| {出力ルートディレクトリ}/work/aa/430eb698cb1be39249a4c55cb3e3a9/command.err がジョブのエラー出力です。
| 430eb6はディレクトリ名の先頭の6文字を示します。

.. note::

  **qreport での確認**
  
  | nextflow ではジョブの要求したメモリ量を可視化します。ジョブの実行が失敗したときは report.html や trace.txt を見るだけでなく、qreport コマンドでも確認してください。 ( :ref:`qreport` )

  **ドットファイルの表示**

  | nextflow では work フォルダに隠しファイル( ドットで始まるファイル )を
  | 作成しますが, このパイプラインでは先頭のドットを除くことで隠しファイルを
  | 表示するようになっています。( .command.log -> command.log )

trace.txt での確認
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| trace.txt としてワークフローで実行したプロセスの実行結果を出力します。
| trace.txt はテキストファイルなので less コマンドで見ることができます。 ( :ref:`less` )


log フォルダでの確認
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| {出力先ディレクトリ}/log 内にワークフローを実行したジョブの標準出力や標準エラー出力があります。
|
| 例えば
| {出力先ディレクトリ}/log/parabricks_dna_rna.sh.e30670729が標準エラー出力で、
| {出力先ディレクトリ}/log/parabricks_dna_rna.sh.o30670729が標準出力になります。
|
| ファイル名の後ろに書いてある30670729がジョブid、
| ジョブidの前の文字がeの場合は標準エラー出力、
| ジョブidの前の文字がoの場合は標準出力です。