Quick Start コロナウイルス解析
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1. qlogin
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| ターミナルを開きます。
| Mac book proだと最初このような表記になっています。

.. code-block:: bash

  (base) username@MacBook-Pro ~ %

| SHIROKANEにSSHで接続します。( https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/273 )

.. code-block:: bash

  (base) username@MacBook-Pro ~ %ssh -l username slogin.hgc.jp
  Enter passphrase for key '/Users/username/.ssh/id_rsa': 
  Last login: Thu Jan  7 15:18:58 2021 from 202.175.149.237
  
  [Begin first by QLOGIN!]
  Welcome to SHIROKANE supercomputer of Human Genome Center, IMS, UT.
  This is a login node as the gateway with very little software.
  You can type  qlogin  COMMAND to use all the features of SHIROKANE.
      |         o                 ,,
  ,--.| ,--.,--.. ,--. |  --, / +-   -+-   .
  |  || |  ||  || |  | |   / /  |-- | ` |  |
  `--|`-`--'`--|`-`  ` `-- `-`- '`- `-  `-
     `      `--' https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/357
  

| qloginします(`https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/qlogin_コマンド <https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/qlogin_コマンド>`_ )。

.. code-block:: bash

  [A login node of SHIROKANE username@slogin1:~]$qlogin
  要求ハードリソース
    memory (s_vmem): 4.5G = ジョブは 1 スロットあたり 4.5G バイトのメモリを要求します
    slots (def_slot): 1 = ジョブは 100% の CPU を要求します
    total memory: 4.5G = ジョブは 4.5G バイトのメモリを要求します
  通常の qlogin を実行します。
  Your job 30398880 ("QLOGIN") has been submitted
  waiting for interactive job to be scheduled ...
  Your interactive job 30398880 has been successfully scheduled.
  Establishing /home/geadmin/N1GE/utilbin/lx-amd64/qlogin_wrapper session to host gc066i ...
  Warning: Permanently added '[gc066i]:34434,[172.28.1.74]:34434' (ECDSA) to the list of known hosts.
  Last login: Sun Dec 20 11:54:20 2020 from yc001i


  
2. run
----------------------------------------

| テスト用のデータを使って実行してみましょう。


.. code-block:: bash

   [username@gc016 ~]$bash /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/main/CovidPipeLine.sh \
               --sample_conf    /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/database/data/test.csv \
               --output_dir     {出力先ディレクトリ} \
               --nextflow_conf  /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/main/config/covid.cfg 

|

.. csv-table:: 参考
   :header: オプション, 説明
   :widths: 7, 7

   ``-s / --sample_conf <path>``,   サンプル設定ファイルのパス
   ``-n / --nextflow_conf <path>``, パイプライン設定ファイルのパス  
   ``-o / --output_dir <path>``,    出力先のフォルダのパス
   ``-q / --qsub_option <option>``,   "| パイプライン本体を実行するジョブをqsubで投げるときのオプション
   | example)  \'-q  -l ljob,s_vmem=64G\' "
   ``-v / --visualization``, "| nextflow実行時にworkフォルダに生成するファイルの先頭から
   | ドットを取り除きません。"
 
.. note::

  **テスト用のデータについて**

  | 今回テスト用に用いたデータ
  |   /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/|version|/database/data/
  |      └B.1.1.7_North_America_genome_artificial_1.fastq 
  |      └B.1.1.7_North_America_genome_artificial_2.fastq 
  | は `ViralZone <https://viralzone.expasy.org/9556>`_ の `B.1.1.7のfastaファイル <ftp://ftp.bvbrc.org/BVBRC/SARS%2DCoV%2D2/Consensus%5Fsequences/B.1.1.7%5FNorth%20America%5Fgenome%5Fconsensus.fasta>`_ から人工合成したものです。

3. result
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| 解析が正常に終了したか確認します。
|
| {出力先ディレクトリ}/report.htmlに結果が出力されています。
| htmlファイルは そのままで見ることができないのでlogoutしてからscpコマンドを使って自分のpcにダウンロードしてからファイルを開きます。 ( :ref:`scp` )
|
| openコマンドまたはダブルクリックを使うことでreport.htmlをブラウザで開きます。

.. code-block:: bash

  (base) username@MacBook-Pro ~ %open report.html

| Workflow execution completed successfully!と表示されていたら成功です。