SUMMARY_EXCEL
===================




| 生成した aa_change.tsv をもとに変異の有無をサンプル間で比較できるような表を
| xlsx ファイルとして出力します。
|

.. csv-table:: 出力ファイル一覧
   :header: ファイル名, 説明
   :widths: 7, 7


   summary.xlsx, xlsx ファイル

|
|

summary.xlsx
^^^^^^^^^^^^^^^^

| 表のセルの色は以下のようにして決めます。
|

.. code-block:: bash

  すべてのサンプルのaa_change.tsvのデータからVFがvf_minより大きい変異のposを抽出して
    それぞれのサンプルについて
      aa_change.tsvにそのposの変異がある場合は
         ADがdp_minより大きい場合は緑
         ADがdp_min以下の場合は黄
      aa_change.tsvにそのposの変異がない場合は
         samtools mpileupのデータからリファレンスと一致するリード数を数えて
             dp_minより大きい場合は白
             dp_min以下の場合は黄

.. note::

  **samtools mpileup のオプション**

  | -a オプションを必ず設定してください。
  | バグなどで想定外のときはセルの色が黒になります。

.. csv-table:: summary_excel のオプション
   :header: オプション, 説明
   :widths: 7, 7


   ``-v / --vf_min <number>``, vf_min の値を設定します。
   ``-p / --dp_min <number>``, dp_min の値を設定します。


| xlsx ファイルはそのままでは見ることができないので
| ダウンロードして見てください。( :ref:`scp` )
|


Dependency
^^^^^^^^^^^

| summary.xlsxを作成するスクリプト( summary_excel )では
| 以下のライブラリを使っています。

.. csv-table::
   :header: ライブラリ名, バージョン, 使い方
   :widths: 2, 2, 2


   openpyxl, openpyxl=3.0.7=pyhd8ed1ab_0, conda