VF_CONSENSUS
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| 生成した aa_change.tsv をもとにコンセンサス配列を fasta ファイルとして出力します。
|

.. csv-table:: 出力ファイル一覧
   :header: ファイル名, 説明
   :widths: 7, 7


   {サンプル名}.vf.consensus.bam, bam ファイル
   {サンプル名}.vf.consensus.bam.bai, vf.consensus.bam のインデックスファイル
   {サンプル名}.vf.consensus.fa, コンセンサス配列

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vf.consensus.fa
^^^^^^^^^^^^^^^^

| aa_change.tsv の変異情報をもとにコンセンサス配列を出力します。


.. csv-table:: VF_consensus のオプション
   :header: オプション, 説明
   :widths: 7, 7


   ``-v / --vf_min <number>``,  ここで設定した値以下の VF である変異は反映されません。
   ``-p / --dp_min <number>``, ここで設定した値以下の depth である位置の塩基は N が出力されます。


| fasta ファイルはテキストファイルのため そのままで見ることができます。( :ref:`less` )
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vf.consensus.bam
^^^^^^^^^^^^^^^^^

| bowtie2 を使って vf.consensus.fa をリファレンスゲノムにマッピングします。
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Dependency
^^^^^^^^^^^

| vf.consensus.faを作成するスクリプト( VF_consensus )では
| 以下のライブラリを使っています。

.. csv-table::
   :header: ライブラリ名, バージョン, 使い方
   :widths: 2, 2, 2


   biopython, biopython=1.78=py39h3811e60_2, conda