| 平成 11 年 7 月 1 日〜平成 15 年 3 月 31 日 | 東京大学大学院理学系研究科担当
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| 平成 13 年 4 月 1 日より | 東京大学大学院理工学系研究科担当
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| 平成 7 年 7 月 1 日〜平成 9 年 3 月 31 日 | 奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科助教授（併任）
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| 平成 10 年 11 月 16 日〜平成 11 年 3 月 31 日 | 筑波大学・生物科学系非常勤講師（併任）
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| 平成 12 年 10 月 1 日〜平成 13 年 3 月 31 日 | 弘前大学理学部非常勤講師（併任）
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| 平成 13 年 2 月 16 日〜平成 13 年 3 月 31 日 | お茶の水女子大学大学院人間文化研究科非常勤講師（併任）
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| 平成 14 年 4 月 1 日〜平成 14 年 9 月 30 日 | 東京工業大学生命理工学部講師（併任）
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| 平成 14 年 4 月 1 日〜平成 16 年 3 月 31 日 | 奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科助教授（併任）
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| 平成 14 年 10 月 1 日〜平成 16 年 3 月 31 日 | 大阪大学大学院工学研究科講師（併任）
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| 平成 14 年 7 月 12 日〜平成 16 年 3 月 31 日 | 岡崎国立共同研究機構計算科学研究センター運営委員会委員
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| 平成16 年 4 月 1 日〜平成 18 年 3 月 31 日 | 岡崎国立共同研究機構計算科学研究センター運営委員会委員
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| 平成 17 年 4 月 1 日〜平成 18 年 3 月 31 日 | 日本バイオインフォマティクス学会副会長
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| 平成 18 年 4 月 1 日〜平成 19 年 3 月 31 日 | 日本バイオインフォマティクス学会会長
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