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Google scholar
  1. Sakai SA, Oyoshi H, Nakamura M, Taki T, Nomura K, Hojo H, Hirata H, Motegi A, Nakamura Y, Zenkoh J, Aokage K, Hamada A, Kojima M, Kuwata T, Tsuchihara K, Akimoto T, Soh J, Mitsudomi T, Tsuboi M, Ishii G, Suzuki Y, Suzuki A, Yamashita R, Kageyama SI. (2025) Single-cell spatial analysis with Xenium reveals anti-tumour responses of CXCL13 + T and CXCL9+ cells after radiotherapy combined with anti-PD-L1 therapy. British Jornal of Cancer. doi: 10.1038/s41416-025-03088-0.
  2. Sawada K*, Yamashita R*, Sakai SA*, Horasawa S, Yoshikawa A, Fujisawa T, Kadowaki S, Kato K, Ueno M, Oki E, Komatsu Y, Chiyoda T, Horita Y, Yasui H, Denda T, Satake H, Esaki T, Satoh T, Takahashi N, Yamazaki K, Matsuhashi N, Nishina T, Takeda H, Ohtsubo K, Ohta T, Tsuji A, Goto M, Kato T, Bando H, Tsuchihara K, Nakamura Y, Yoshino T. (2025) Microbiome landscape and association with response to immune checkpoint inhibitors in advanced solid tumors: a SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN study. Cancer Research Communications, https://doi.org/10.1158/2767-9764.CRC-24-0543
  3. Sakai SA, Nomura R, Nagasawa S, Chi S, Suzuki A, Suzuki Y, Imai M, Nakamura Y, Yoshino T, Ishikawa S, Tsuchihara K, Kageyama S, Yamashita R (2025) SpatialKNifeY (SKNY): Extending from spatial domain to surrounding area to identify microenvironment features with single-cell spatial omics data, PLOS Computational Biology, 18;21(2):e1012854. 10.1371/journal.pcbi.1012854
  4. Sakai SA, Saeki K, Chi SG, Hamaya Y, Du J, Nakamura M, Hojo H, Kojima T, Nakamura Y, Bando H, Kojima M, Suzuki A, Suzuki Y, Akimoto T, Tsuchihara K, Haeno H, Yamashita R, Kageyama S-I (2025) Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration. Cancer Immunology Research, https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-24-0610
  5. Okazawa-Sakai M*, Sakai SA*, Hyodo I, Horasawa S, Sawada K, Fujisawa T, Yamamoto Y, Boku S, Hayasaki Y, Isobe M, Shintani D, Hasegawa K, Egawa-Takata T, Ito K, Ihira K, Watari H, Takehara K, Yagi H, Kato K, Chiyoda T, Harano K, Nakamura Y, Yamashita R, Yoshino T, Aoki D (2024) Gut microbiome associated with PARP inhibitor efficacy in patients with ovarian cancer, Journal of Gynecologic Oncology, https://doi.org/10.3802/jgo.2025.36.e38
  6. Oyoshi H, Du J, Sakai SA, Yamashita R, Okumura M, Motegi A, Hojo H, Nakamura M, Hirata H, Sunakawa H, Kotani D, Yano T, Kojima T, Nakamura Y, Kojima M, Suzuki A, Zenkoh J, Tsuchihara K, Akimoto T, Shibata A, Suzuki Y, Kageyama SI (2023) Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma Science Advances, 9, eadh9069. doi:10.1126/sciadv.adh9069
  7. Sakai SA, Aoshima M, Sawada K, Horasawa S, Yoshikawa A, Fujisawa T, Kadowaki S, Denda T, Matsuhashi N, Yasui H, Goto M, Yamazaki K, Komatsu Y, Nakanishi R, Nakamura Y, Bando H, Hamaya Y, Kageyama S-I, Yoshino T, Tsuchihara K and Yamashita R (2022) Fecal microbiota in patients with a stoma decreases anaerobic bacteria and alters taxonomic and functional diversities. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 12:925444. doi: 10.3389/fcimb.2022.925444

Oral presentations

  1. ○酒井 俊輔, 野村 亮輔, 永澤 慧, 池 成基，鈴木 絇子，鈴木 穣, 土原 一哉, 影山 俊一郎, 山下 理宇,「がん細胞塊に着目した空間オミクス解析アルゴリズムSKNY(SpatialKNifeY)の開発と乳がんXeniumデータへの適応」第6回日本メディカルAI学会学術集会, G-14, 名古屋, 2024年6月21日
  2. Shunsuke A. Sakai, Naoko Iida, Kentaro Sawada, Satoshi Horasawa, Takao Fujisawa, Ayumu Yoshikawa, Yoshiaki Nakamura, Takayuki Yoshino, Shun-Ichiro Kageyama, Katsuya Tsuchihara, ○Riu Yamashita, "Gut microbiota change under anticancer drugs and concomitant medications: SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN project", 第46回日本分子生物学会年会, 2PS-14-1, 神戸, 2023年12月7日
  3. ○Shunsuke A. Sakai, Kentaro Sawada, Satoshi Horasawa, Ayumu Yoshikawa, Takao Fujisawa, Yoshiaki Nakamura, Katsuya Tsuchihara, Riu Yamashita,「多様性解析ツールQINDAO を用いた多がん種の腸内細菌叢構造の解析」第12回生命医薬情報学連合大会, OS-4, 柏, 2023年9月9日
  4. ○酒井 俊輔, 青島 将人, 土原 一哉, 山下 理宇,「多視点に基づく細菌叢解析ツールQINDAOの構築」第17回日本ゲノム微生物学会年会, 3O2-04, 千葉, 2023年3月10日
  5. ○Kentaro Sawada, Riu Yamashita, Shunsuke Sakai et al,「胃がん患者における腸内細菌叢と臨床的特徴の検討：SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN」第95回日本胃癌学会総会, SY4-5, 札幌, 2023年2月23日
  6. ○Shunsuke A. Sakai, Masato Aoshima, Katsuya Tsuchihara, and Riu Yamashita,「Quantitative Index Alpha diversity Overview (QINDAO):様々な観点に基づく細菌叢指標算出Webアプリケーションの構築」第45回日本分子生物学会年会, 3PW-18-6, 千葉, 2022年12月2日
  7. ○Mika Sakai, Shunsuke Sakai et al, "Gut microbiome associated with BRCA1/2 mutation and response to PARP inhibitor in ovarian cancer:SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN" 第60回日本癌治療学会学術集会, SSY3-3-1, 神戸, 2022年10月21日
  8. ○Hirouki Yasojima, Shunsuke Sakai et al, "Gut microbiome comparison between metastatic breast cancer and other cancers, and its association with subtype and efficacy of immune checkpoint inhibitors" 第60回日本癌治療学会学術集会, SSY3-3-2, 神戸, 2022年10月21日
  9. ○Nobuaki Matsubara, Shunsuke Sakai et al, "The comprehensive analysis of gut microbiome and clinical outcomes in patients with metastatic castration-sensitive and -resistant prostate cancer" 第60回日本癌治療学会学術集会, SSY3-5-3, 神戸, 2022年10月22日

Short talk

  1. 酒井 俊輔,「Quantitative Index Alpha diversity Overview (QINDAO):細菌叢の多面的な多様性算出Webアプリケーションの構築」生命情報若手の会 第15回研究会, 長生郡, 2023年10月7日-2023年10月9日
  2. Shunsuke A. Sakai, Masato Aoshima, Katsuya Tsuchihara, Riu Yamashita, "Quantitative Index Alpha diversity Overview (QINDAO): Building a web application for computing microbiome diversity based on gene function.", Nakai-Lab Alumni Symposium "Functional Analysis in silico Past, Present, and Future", 文京, 2023年8月29日
  3. 酒井 俊輔, 山下理宇,「ストマ造設とマイクロバイオームの関連に関する解析」2022年度第2回SCRUM-Japan MONSTAR SCREEN 合同Web会議, 新規論文紹介, オンライン開催, 2022年12月17日
  4. Shunsuke A. Sakai, Masato Aoshima, Katsuya Tsuchihara, and Riu Yamashita,「Quantitative Index Alpha diversity Overview (QINDAO):様々な観点に基づく細菌叢指標算出Webアプリケーションの構築」第45回日本分子生物学会年会, 3SP-27-02, 千葉, 2022年12月2日
  5. 酒井 俊輔,「Quantitative Index Alpha diversity Overview (QINDAO):新しい観点に基づく細菌叢多様性の算出Webアプリケーション構築」生命情報若手の会 第14回研究会, オンライン開催, 2022年9月10日
  6. 酒井 俊輔, 「腸内細菌叢とsomatic変異との関連解析」, 生命情報科学若手の会 第13回研究会 「生命情報科学✕ウイルス学 若手交流会」, オンライン開催, 2021年10月22日

Poster presentations

  1. 酒井 俊輔, 野村 亮輔, 永澤 慧, 池 成基, 鈴木 絇子, 鈴木 穣, 石川俊平, 土原 一哉, 影山 俊一郎, 山下 理宇,「SKNY (SpatialKNifeY)：がん細胞塊を基準とした「等距圏」に基づく微小環境解析アルゴリズム構築と乳がん単一細胞空間オミクスデータへの応用」 第47回日本分子生物学会年会, 1P-851, 福岡, 2024年11月27日
  2. 酒井 俊輔, 野村 亮輔, 永澤 慧, 池 成基, 鈴木 絇子, 鈴木 穣, 土原 一哉, 影山 俊一郎, 山下 理宇, "SpatialKNifeY detects tumor microenvironments and estimates the progression trajectory using spatial transcriptomics" 第83回日本癌学会学術総会, P-1336, 福岡, 2024年9月19日
  3. 酒井 俊輔, 野村亮輔, 土原一哉, 影山俊一郎, 山下 理宇,「がん細胞塊に着目した空間オミクス解析アルゴリズムSKNY (SpatialKNifeY) の開発」6NC リトリートポスターセッション, P-18-3, 新宿, 2024年4月13日
  4. Shunsuke A. Sakai, Naoko Iida, Kentaro Sawada, Satoshi Horasawa, Takao Fujisawa, Ayumu Yoshikawa, Yoshiaki Nakamura, Takayuki Yoshino, Shun-Ichiro Kageyama, Katsuya Tsuchihara, ○Riu Yamashita, "Gut microbiota change under anticancer drugs and concomitant medications: SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN project", 第46回日本分子生物学会年会, 3P-661, 神戸, 2023年12月8日
  5. Hidekazu Oyoshi, Junyan Du, Shunsuke A. Sakai, Riu Yamashita, Masayuki Okumura, Masaki Nakamura, Hidenari Hirata, Hironori Sunakawa, Tomonori Yano, Takashi Kojima, Motohiro Kojima, Katsuya Tsuchihara, Tetsuo Akimoto, Atsushi Shibata, Yutaka Suzuki and Shunichiro Kageyama, "Spatiotemporal single-cell analysis reveals time-dependent immunological modulation by radiotherapy in esophageal cancer", 第82回日本癌学会学術総会, P-3330, 横浜, 2023年9月23日
  6. Shunsuke A. Sakai, Kentaro Sawada, Satoshi Horasawa, Ayumu Yoshikawa, Takao Fujisawa, Yoshiaki Nakamura, Katsuya Tsuchihara, Riu Yamashita,「多様性解析ツールQINDAO を用いた多がん種の腸内細菌叢構造の解析」第12回生命医薬情報学連合大会, P-77, 柏, 2023年9月8日-2023年9月9日
  7. 酒井 俊輔, 青島将人, 土原一哉, 山下 理宇,「ストマ造設は腸内細菌叢の嫌気性菌を減少させ多様性を撹乱する」6NC リトリートポスターセッション, P-1-6, 千代田, 2023年4月22日
  8. Shunsuke A. Sakai, Masato Aoshima, Katsuya Tsuchihara, and Riu Yamashita,「Quantitative Index Alpha diversity Overview (QINDAO):様々な観点に基づく細菌叢指標算出Webアプリケーションの構築」第45回日本分子生物学会年会, 3P-628, 千葉, 2022年12月2日
  9. Shunsuke A. Sakai et al, "Fecal microbiota in patients with a stoma decreases anaerobic microbes and alters various diversities" 第81回日本癌学会学術総会, P-1048, 横浜, 2022年9月29日
  10. Shunsuke A. Sakai et al,「Quantitative Index Alpha diversity Overview (QINDAO):様々な観点に基づく細菌叢α多様性指標算出Webアプリケーションの構築」第11回生命医薬情報学連合大会, P-23, 大阪, 2022年9月13日
  11. 澤田 憲太郎, 山下 理宇, 洞澤 智至, 酒井 俊輔, 吉河 歩, 藤澤 孝夫, 門脇 重憲, 上野 誠, 沖 英次, 加藤 健, 青木 大輔, 佐藤 太郎, 小松 嘉人, 江崎 泰斗, 谷口 浩也, 中村 能章, 坂東 英明, 吉野 孝之,「固形がん患者における腸内細菌叢と臨床的背景の検討 -SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN project」第44回日本分子生物学会年会, 1P-0587, 横浜, 2021年12月1日

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