パイプライン解析で出力されるファイルについて¶
trimmomatic, align, mutation call, bcftoolsの出力結果がそれぞれのフォルダに出力されます。
出力ディレクトリ階層¶
{出力先ディレクトリ}
└fastq/ :1) trimmomatic結果
└{サンプル名}/
└{サンプル名}.paired_1.fastq.gz
└{サンプル名}.paired_2.fastq.gz
└bam/ :2) align結果
└{サンプル名}/
└{サンプル名}.markdup.bam
└{サンプル名}.markedup.bam.bai
└mutation/ :3) mutation call結果
└{サンプル名}/
└{サンプル名}.aa_change.tsv
└{サンプル名}.anno.vcf
└bcftools/ :4) bcftools結果
└{サンプル名}/
└{サンプル名}.bcftools.consensus.fa
└{サンプル名}.bcftools.vcf.gz
└lineage_report.csv
└config/ :5) Other
└log/
└work/