サンプル設定ファイルについて¶
項目は6種類あります。
[fastq] |
FASTQファイルを入力として解析します |
[bam_import] |
BAMファイルを入力として解析します |
[mutation_call] |
変異コールが実行されます |
[bcftools] |
コンセンサス配列が生成します |
[fastq]の記載方法¶
{サンプル名},{fastqファイル1},{fastqファイル2}のように記入してください。
区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
サンプル名は自分で自由に決められます。
他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
fastqファイル1とfastqファイル2にはペアエンドリードのfastqファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは/homeから始まるパスになります。 ( 絶対パスの確認方法 )
圧縮したfastqファイルでも動きます。
拡張子に.gzがついている場合、圧縮ファイルとして取り扱います。
[fastq]
covid1,/home/username/covid_1.fq,/home/username/covid_2.fq
ここに記入したfastqファイルをマッピングしてbamファイルを出力します。