BCFTOOLS¶
生成したbamファイルをもとにbcftoolsでコンセンサス配列をfastaファイルとして出力します。
ファイル名 |
説明 |
|---|---|
{サンプル名}.bcftools.consensus.fa |
コンセンサス配列 |
{サンプル名}.bcftools.vcf.gz |
圧縮されたvcfファイル |
{サンプル名}.bcftools.vcf.gz.csi |
bcftools.vcf.gzのインデックスファイル |
lineage_report.csv |
pangolinによるlineageの割り当て結果 |
pangolin¶
生成したfastaファイルにpangolinを実行することでlineageを割り当てます。
Note
pangolinのアップデート
pangolinで使われるlineage情報は逐次更新されます。
( パイプライン内で使われているlineage情報は2021年5月11日時点での情報です。)
pangolinをユーザー自身がインストールしなくても解析は可能ですが
最新のlineage情報で解析したい場合にはpangolinを自分のディレクトリにインストールし、
そのパスをパイプライン設定ファイルで指定する必要があります。( pangolinの準備 )