pangolinの準備¶
SHIROKANEでpangolinを使う準備をします。
Note
pangolinのアップデート
pangolinで使われるlineage情報は逐次更新されます。
( パイプライン内で使われているlineage情報は2021年5月11日時点での情報です。)
pangolinをユーザー自身がインストールしなくても解析は可能ですが
最新のlineage情報で解析したい場合にはpangolinを自分のディレクトリにインストールし、
そのパスをパイプライン設定ファイルで指定する必要があります。
1. conda¶
condaを準備します。(https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Miniconda_使用方法 )。
[username@gc016 ~]$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
[username@gc016 ~]$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. pangolinのダウンロード¶
githubからpangolinをダウンロードします。
[username@gc016 ~]$ wget https://github.com/cov-lineages/pangolin/archive/refs/heads/master.zip
[username@gc016 ~]$ unzip master.zip
[username@gc016 ~]$ rm master.zip
master.zipを解凍するとpangolin-masterというフォルダが生成します。
3. pangolinのインストール¶
pangolinをインストールします。
[username@gc016 ~]$ cd pangolin-master
[username@gc016 ~]$ eval "$(~/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)"
[username@gc016 ~]$ conda env create -f environment.yml
[username@gc016 ~]$ conda activate pangolin
[username@gc016 ~]$ python setup.py install
6. 参考¶
一連の操作をシェルスクリプトで自動化すると以下のようになります。
if [ ! -e Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ]; then
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
fi
if [ -e ~/miniconda3 ]; then
echo "~/miniconda3 exists. Please delete ~/miniconda3"
exit 1
fi
expect -c "
set timeout 600
spawn bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
expect \">>>\"
send -- \"\n\"
expect \":\"
send -- \" \"
expect \">>>\"
send -- \"yes\n\"
expect \">>>\"
send -- \"\n\"
expect \">>>\"
send -- \"\n\"
expect \"$\"
exit 0
"
if [ -e master.zip ]; then
echo "master.zip exists. Please delete master.zip"
exit 1
fi
wget https://github.com/cov-lineages/pangolin/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
rm master.zip
cd pangolin-master
eval "$(~/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)"
conda env create -f environment.yml
conda activate pangolin
python setup.py install
conda deactivate
eval "$(~/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)"
conda activate pangolin
pangolin --update
conda deactivate
シェルスクリプトを実行するときは以下のようにします。
[username@gc016 ~]$ bash pangolin_installer.sh
[username@gc016 ~]$ bash pangolin_updater.sh