pangolinの準備

SHIROKANEでpangolinを使う準備をします。

Note

pangolinのアップデート

pangolinで使われるlineage情報は逐次更新されます。
( パイプライン内で使われているlineage情報は2021年5月11日時点での情報です。)

pangolinをユーザー自身がインストールしなくても解析は可能ですが
最新のlineage情報で解析したい場合にはpangolinを自分のディレクトリにインストールし、
そのパスをパイプライン設定ファイルで指定する必要があります。
pangolinについては
を見てください。

1. conda

[username@gc016 ~]$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
[username@gc016 ~]$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. pangolinのダウンロード

githubからpangolinをダウンロードします。
[username@gc016 ~]$ wget https://github.com/cov-lineages/pangolin/archive/refs/heads/master.zip
[username@gc016 ~]$ unzip master.zip
[username@gc016 ~]$ rm  master.zip
master.zipを解凍するとpangolin-masterというフォルダが生成します。

3. pangolinのインストール

pangolinをインストールします。
[username@gc016 ~]$ cd pangolin-master
[username@gc016 ~]$ eval "$(~/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)"
[username@gc016 ~]$ conda env create -f environment.yml
[username@gc016 ~]$ conda activate pangolin
[username@gc016 ~]$ python setup.py install

4. pangolinのアップデート

pangolinをアップデートします。
[username@gc016 ~]$ pangolin --update

5. パイプライン設定ファイルにcondaのパスを追加

パイプライン設定ファイルのpangolin_dirを書き換えます。
pangolin_dir = '~/miniconda3'

6. 参考

一連の操作をシェルスクリプトで自動化すると以下のようになります。
pangolin_installer.sh
if [ ! -e Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ]; then
  wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
fi

if [ -e ~/miniconda3 ]; then
    echo "~/miniconda3 exists. Please delete  ~/miniconda3"
    exit 1
fi

expect -c "
set timeout 600
spawn bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
expect \">>>\"
send -- \"\n\"
expect \":\"
send -- \"            \"
expect \">>>\"
send -- \"yes\n\"
expect \">>>\"
send -- \"\n\"
expect \">>>\"
send -- \"\n\"
expect \"$\"
exit 0
"

if [ -e  master.zip ]; then
    echo "master.zip exists. Please delete master.zip"
    exit 1
fi

wget https://github.com/cov-lineages/pangolin/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
rm master.zip

cd pangolin-master
eval "$(~/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)"
conda env create -f environment.yml
conda activate pangolin
python setup.py install
conda deactivate
pangolin_updater.sh
eval "$(~/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)"
conda activate pangolin
pangolin --update
conda deactivate
シェルスクリプトを実行するときは以下のようにします。
[username@gc016 ~]$ bash pangolin_installer.sh
[username@gc016 ~]$ bash pangolin_updater.sh