HGC_CovidPipeLine

HGC_CovidPipeLine ( CPL ) はSARS-CoV-2ゲノム解析パイプラインです。

NGSによるSARS-CoV-2ゲノムのfastqファイルから変異コールを行い、

VCFファイルを出力します。

Quick Start-Up Guide

• Quick Start コロナウイルス解析

Genome Analysis Documentation

• TRIMMOMATIC
• ALIGN
• MUTATION CALL
• BCFTOOLS

Users Guide

• サンプル設定ファイルについて
• パイプライン設定ファイルについて
• パイプライン解析で出力されるファイルについて

Report

• 解析結果確認

Linux

• Linux の基本操作

Pangolin

• pangolinの準備

Reference

• 使われているソフトウェア