解析結果確認

このパイプラインはnextflowで書かれたワークフローです。 nextflowについては https://www.nextflow.io を見てください。

report.htmlでの確認

report.htmlとしてワークフローで実行したプロセスの実行結果を出力します。

report.htmlファイルはhtmlファイルなのでダウンロードしてブラウザで開いてみてください。 ( ファイルのダウンロード方法 )

カラム名	説明
native_id	SHIROKANEでのジョブidになります。
status	COMPLETEDの場合はそのプロセスは成功です。
hash	project_dir/work内のどのフォルダにそのジョブの標準出力や標準エラーなどが含まれるか示します。

例えば

hashがaa/430eb6の場合は

{出力ルートディレクトリ}/work/aa/430eb698cb1be39249a4c55cb3e3a9/command.errがジョブのエラー出力です。

430eb6はディレクトリ名の先頭の6文字を示します。

Note

qreportでの確認

nextflowではジョブの要求したメモリ量を可視化します。ジョブの実行が失敗したときはreport.htmlやtrace.txtを見るだけでなく、qreportコマンドでも確認してください。 ( ジョブの実行結果を確認する方法 )

ドットファイルの表示

nextflowではworkフォルダに隠しファイル( ドットで始まるファイル )を

作成しますが, このパイプラインでは先頭のドットを除くことで隠しファイルを

表示するようになっています。( .command.log -> command.log )

trace.txtでの確認

trace.txtとしてワークフローで実行したプロセスの実行結果を出力します。

trace.txtはテキストファイルなのでlessコマンドで見ることができます。 ( テキストファイルを見る方法 )

logフォルダでの確認

{出力先ディレクトリ}/log内にワークフローを実行したジョブの標準出力や標準エラー出力があります。

例えば

{出力先ディレクトリ}/log/parabricks_dna_rna.sh.e30670729が標準エラー出力で、

{出力先ディレクトリ}/log/parabricks_dna_rna.sh.o30670729が標準出力になります。

ファイル名の後ろに書いてある30670729がジョブid、

ジョブidの前の文字がeの場合は標準エラー出力、

ジョブidの前の文字がoの場合は標準出力です。