BCFTOOLS¶
生成したbamファイルをもとにbcftoolsでコンセンサス配列をfastaファイルとして出力します。
| ファイル名 | 説明 |
|---|---|
| {サンプル名}.bcftools.consensus.fa | コンセンサス配列 |
| {サンプル名}.bcftools.vcf.gz | 圧縮されたvcfファイル |
| {サンプル名}.bcftools.vcf.gz.csi | bcftools.vcf.gzのインデックスファイル |
| lineage_report.csv | pangolinによるlineageの割り当て結果 |
pangolin¶
生成したfastaファイルにpangolinを実行することでlineageを割り当てます。
Note
pangolinのアップデート
pangolinで使われるlineage情報は逐次更新されます。
( パイプライン内で使われているlineage情報は2021年6月10日時点での情報です。)
pangolinをユーザー自身がインストールしなくても解析は可能ですが
最新のlineage情報で解析したい場合にはpangolinを自分のディレクトリにインストールし、
そのパスをパイプライン設定ファイルで指定する必要があります。( pangolin の 準備 )