TRIMMOMATIC

シーケンサーから得られたリードデータ( fastqファイル )の

フィルタリングを行います。

このパイプラインではtrimmomaticでフィルタリングをします。

出力ファイル一覧

ファイル名	説明
{サンプル名}.paired_[1 | 2].fastq.gz	フィルタリング後にペアの両方に残ったもの
{サンプル名}.unpaired_[1 | 2].fastq.gz	フィルタリング後にペアの片方だけに残ったもの

下流の処理では{サンプル名}.paired_[1 | 2].fastq.gzを使います。

trimmomaticについては

http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic

を参考にしてください。