TRIMMOMATIC

シーケンサーから得られたリードデータ( fastqファイル )の
フィルタリングを行います。

このパイプラインではtrimmomaticでフィルタリングをします。
出力ファイル一覧
ファイル名 説明
{サンプル名}.paired_[1 | 2].fastq.gz フィルタリング後にペアの両方に残ったもの
{サンプル名}.unpaired_[1 | 2].fastq.gz フィルタリング後にペアの片方だけに残ったもの
下流の処理では{サンプル名}.paired_[1 | 2].fastq.gzを使います。

trimmomaticについては
を参考にしてください。