解析結果確認¶
このパイプラインは nextflow で書かれたワークフローです。 nextflow については https://www.nextflow.io を見てください。
report.htmlでの確認¶
report.html としてワークフローで実行したプロセスの実行結果を出力します。
report.html ファイルは html ファイルなのでダウンロードしてブラウザで開いてみてください。 ( ファイルのダウンロード方法 )
カラム名 | 説明 |
---|---|
native_id | SHIROKANE でのジョブidになります。 |
status | COMPLETED の場合はそのプロセスは成功です。 |
hash | project_dir/work 内のどのフォルダにそのジョブの標準出力や標準エラーなどが含まれるか示します。 |
例えば
hash が aa/430eb6 の場合は
{出力ルートディレクトリ}/work/aa/430eb698cb1be39249a4c55cb3e3a9/command.err がジョブのエラー出力です。
430eb6はディレクトリ名の先頭の6文字を示します。
Note
qreport での確認
nextflow ではジョブの要求したメモリ量を可視化します。ジョブの実行が失敗したときは report.html や trace.txt を見るだけでなく、qreport コマンドでも確認してください。 ( ジョブの実行結果を確認する方法 )
ドットファイルの表示
nextflow では work フォルダに隠しファイル( ドットで始まるファイル )を
作成しますが, このパイプラインでは先頭のドットを除くことで隠しファイルを
表示するようになっています。( .command.log -> command.log )
trace.txt での確認¶
trace.txt としてワークフローで実行したプロセスの実行結果を出力します。
trace.txt はテキストファイルなので less コマンドで見ることができます。 ( テキストファイルを見る方法 )
log フォルダでの確認¶
{出力先ディレクトリ}/log 内にワークフローを実行したジョブの標準出力や標準エラー出力があります。
例えば
{出力先ディレクトリ}/log/parabricks_dna_rna.sh.e30670729が標準エラー出力で、
{出力先ディレクトリ}/log/parabricks_dna_rna.sh.o30670729が標準出力になります。
ファイル名の後ろに書いてある30670729がジョブid、
ジョブidの前の文字がeの場合は標準エラー出力、
ジョブidの前の文字がoの場合は標準出力です。