VF_CONSENSUS

生成した aa_change.tsv をもとにコンセンサス配列を fasta ファイルとして出力します。

出力ファイル一覧
ファイル名 説明
{サンプル名}.vf.consensus.bam bam ファイル
{サンプル名}.vf.consensus.bam.bai vf.consensus.bam のインデックスファイル
{サンプル名}.vf.consensus.fa コンセンサス配列


vf.consensus.fa

aa_change.tsv の変異情報をもとにコンセンサス配列を出力します。
VF_consensus のオプション
オプション 説明
-v / --vf_min <number> ここで設定した値以下の VF である変異は反映されません。
-p / --dp_min <number> ここで設定した値以下の depth である位置の塩基は N が出力されます。
fasta ファイルはテキストファイルのため そのままで見ることができます。( テキストファイルを見る方法 )

vf.consensus.bam

bowtie2 を使って vf.consensus.fa をリファレンスゲノムにマッピングします。

Dependency

vf.consensus.faを作成するスクリプト( VF_consensus )では
以下のライブラリを使っています。
ライブラリ名 バージョン 使い方
biopython biopython=1.78=py39h3811e60_2 conda