VF_CONSENSUS

生成した aa_change.tsv をもとにコンセンサス配列を fasta ファイルとして出力します。

出力ファイル一覧
ファイル名	説明
{サンプル名}.vf.consensus.bam	bam ファイル
{サンプル名}.vf.consensus.bam.bai	vf.consensus.bam のインデックスファイル
{サンプル名}.vf.consensus.fa	コンセンサス配列

vf.consensus.fa

aa_change.tsv の変異情報をもとにコンセンサス配列を出力します。

VF_consensus のオプション
オプション	説明
`-v / --vf_min <number>`	ここで設定した値以下の VF である変異は反映されません。
`-p / --dp_min <number>`	ここで設定した値以下の depth である位置の塩基は N が出力されます。

fasta ファイルはテキストファイルのためそのままで見ることができます。( テキストファイルを見る方法 )

bowtie2 を使って vf.consensus.fa をリファレンスゲノムにマッピングします。

vf.consensus.faを作成するスクリプト( VF_consensus )では

以下のライブラリを使っています。

ライブラリ名	バージョン	使い方
biopython	biopython=1.78=py39h3811e60_2	conda