VF_CONSENSUS¶
生成した aa_change.tsv をもとにコンセンサス配列を fasta ファイルとして出力します。
ファイル名 | 説明 |
---|---|
{サンプル名}.vf.consensus.bam | bam ファイル |
{サンプル名}.vf.consensus.bam.bai | vf.consensus.bam のインデックスファイル |
{サンプル名}.vf.consensus.fa | コンセンサス配列 |
vf.consensus.fa¶
aa_change.tsv の変異情報をもとにコンセンサス配列を出力します。
オプション | 説明 |
---|---|
-v / --vf_min <number> |
ここで設定した値以下の VF である変異は反映されません。 |
-p / --dp_min <number> |
ここで設定した値以下の depth である位置の塩基は N が出力されます。 |
fasta ファイルはテキストファイルのため そのままで見ることができます。( テキストファイルを見る方法 )
vf.consensus.bam¶
bowtie2 を使って vf.consensus.fa をリファレンスゲノムにマッピングします。
Dependency¶
vf.consensus.faを作成するスクリプト( VF_consensus )では
以下のライブラリを使っています。
ライブラリ名 | バージョン | 使い方 |
---|---|---|
biopython | biopython=1.78=py39h3811e60_2 | conda |