SUMMARY_EXCEL

生成した aa_change.tsv をもとに変異の有無をサンプル間で比較できるような表を

xlsx ファイルとして出力します。

出力ファイル一覧

ファイル名	説明
summary.xlsx	xlsx ファイル

summary.xlsx

表のセルの色は以下のようにして決めます。

すべてのサンプルのaa_change.tsvのデータからVFがvf_minより大きい変異のposを抽出して
  それぞれのサンプルについて
    aa_change.tsvにそのposの変異がある場合は
       ADがdp_minより大きい場合は緑
       ADがdp_min以下の場合は黄
    aa_change.tsvにそのposの変異がない場合は
       samtools mpileupのデータからリファレンスと一致するリード数を数えて
           dp_minより大きい場合は白
           dp_min以下の場合は黄

Note

samtools mpileup のオプション

-a オプションを必ず設定してください。

バグなどで想定外のときはセルの色が黒になります。

summary_excel のオプション

オプション	説明
-v / --vf_min <number>	vf_min の値を設定します。
-p / --dp_min <number>	dp_min の値を設定します。

xlsx ファイルはそのままでは見ることができないので

ダウンロードして見てください。( ファイルのダウンロード方法 )

Dependency

summary.xlsxを作成するスクリプト( summary_excel )では

以下のライブラリを使っています。

ライブラリ名	バージョン	使い方
openpyxl	openpyxl=3.0.7=pyhd8ed1ab_0	conda