パイプライン解析で出力されるファイルについて

trimmomatic, align, mutation call, bcftools, VF_consensus, summary_excel の出力結果がそれぞれのフォルダに出力されます。

出力ディレクトリ階層

パイプライン解析結果

{出力先ディレクトリ}
  └fastq/                          ：1) trimmomatic 結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.paired_1.fastq.gz
          └{サンプル名}.paired_2.fastq.gz

  └bam/                            ：2) align 結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.markdup.bam
          └{サンプル名}.markedup.bam.bai

  └mutation/                       ：3) mutation call 結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.aa_change.tsv
          └{サンプル名}.anno.vcf

  └bcftools/                       ：4) bcftools 結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.bcftools.consensus.fa
          └{サンプル名}.bcftools.vcf.gz
          └lineage_report.csv

  └VF_consensus/                   ：5) VF_consensus 結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.vf.consensus.fa
          └{サンプル名}.vf.consensus.bam
          └{サンプル名}.vf.consensus.bam.bai

  └summary/                        ：6) summary_excel 結果
      └summary.xlsx

  └config/                         ：7) Other
  └log/
  └work/