使われているソフトウェア¶
ソフトウェア名 | バージョン | 使い方 |
---|---|---|
bcftools | bcftools=1.12=h45bccc9_1 | conda |
nextflow | nextflow=20.10.0=h4a94de4_1 | conda |
snpEff | snpeff=5.0=hdfd78af_1 | conda |
pangolin | pangolin==3.0.6 | conda |
pangolearn | pangolearn==2021-06-05 | conda |
samtools | 1.9 | SHIROKANE の moduleコマンド |
bwa | 0.7.17-r1188 | SHIROKANE の moduleコマンド |
bowtie | 2.3.4.3 | SHIROKANE の moduleコマンド |
biobambam | 0.0.191 | パス指定 |
trimmomatic | 0.39 | パス指定 |
GenomonFisher | 0.2.0 | パス指定 |