使われているソフトウェア¶
| ソフトウェア名 | バージョン | 使い方 |
|---|---|---|
| bcftools | bcftools=1.12=h45bccc9_1 | conda |
| nextflow | nextflow=20.10.0=h4a94de4_1 | conda |
| snpEff | snpeff=5.0=hdfd78af_1 | conda |
| pangolin | pangolin==3.0.6 | conda |
| pangolearn | pangolearn==2021-06-05 | conda |
| samtools | 1.9 | SHIROKANE の moduleコマンド |
| bwa | 0.7.17-r1188 | SHIROKANE の moduleコマンド |
| bowtie | 2.3.4.3 | SHIROKANE の moduleコマンド |
| biobambam | 0.0.191 | パス指定 |
| trimmomatic | 0.39 | パス指定 |
| GenomonFisher | 0.2.0 | パス指定 |