使われているソフトウェア

ソフトウェア名 バージョン 使い方
bcftools bcftools=1.12=h45bccc9_1 conda
nextflow nextflow=20.10.0=h4a94de4_1 conda
snpEff snpeff=5.0=hdfd78af_1 conda
pangolin pangolin==3.0.6 conda
pangolearn pangolearn==2021-06-05 conda
samtools 1.9 SHIROKANE の moduleコマンド
bwa 0.7.17-r1188 SHIROKANE の moduleコマンド
bowtie 2.3.4.3 SHIROKANE の moduleコマンド
biobambam 0.0.191 パス指定
trimmomatic 0.39 パス指定
GenomonFisher 0.2.0 パス指定