サンプル設定ファイルについて¶
項目は6種類あります。
| [fastq] | FASTQ ファイルを入力として解析します |
| [bam_import] | BAM ファイルを入力として解析します |
| [mutation_call] | 変異コールが実行されます |
| [bcftools] | コンセンサス配列が生成します |
| [VF_consensus] | VF_consensus が実行されます |
[fastq]の記載方法¶
{サンプル名},{fastq ファイル1},{fastq ファイル2}のように記入してください。
区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
サンプル名は自分で自由に決められます。
他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
fastq ファイル1と fastq ファイル2にはペアエンドリードの fastq ファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは /home から始まるパスになります。 ( 絶対パスの確認方法 )
圧縮した fastq ファイルでも動きます。
拡張子に .gz がついている場合、圧縮ファイルとして取り扱います。
[fastq]
covid1,/home/username/covid_1.fq,/home/username/covid_2.fq
ここに記入した fastq ファイルをマッピングして bam ファイルを出力します。
[bam_import]の記載方法¶
{サンプル名},{bam ファイル1}のように記入してください。
区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
サンプル名は自分で自由に決められます。
他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
bam ファイルには bam ファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは /home から始まるパスになります。 ( 絶対パスの確認方法 )
bam ファイルと同じフォルダに bai ファイルを置いてください。
[bam_import]
covid,/home/username/covid.bam
[mutation_call]の記載方法¶
[fastq]で設定したサンプル名を使って mutation call で使う bam ファイルを設定します。
[mutation_call]
covid1