Quick Start コロナウイルス解析¶
1. qlogin¶
ターミナルを開きます。
Mac book proだと最初このような表記になっています。
(base) username@MacBook-Pro ~ %
SHIROKANEにSSHで接続します。( https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/273 )
(base) username@MacBook-Pro ~ %ssh -l username slogin.hgc.jp
Enter passphrase for key '/Users/username/.ssh/id_rsa':
Last login: Thu Jan 7 15:18:58 2021 from 202.175.149.237
[Begin first by QLOGIN!]
Welcome to SHIROKANE supercomputer of Human Genome Center, IMS, UT.
This is a login node as the gateway with very little software.
You can type qlogin COMMAND to use all the features of SHIROKANE.
| o ,,
,--.| ,--.,--.. ,--. | --, / +- -+- .
| || | || || | | | / / |-- | ` | |
`--|`-`--'`--|`-` ` `-- `-`- '`- `- `-
` `--' https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/357
qloginします(https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/qlogin_コマンド )。
[A login node of SHIROKANE username@slogin1:~]$qlogin
要求ハードリソース
memory (s_vmem): 4.5G = ジョブは 1 スロットあたり 4.5G バイトのメモリを要求します
slots (def_slot): 1 = ジョブは 100% の CPU を要求します
total memory: 4.5G = ジョブは 4.5G バイトのメモリを要求します
通常の qlogin を実行します。
Your job 30398880 ("QLOGIN") has been submitted
waiting for interactive job to be scheduled ...
Your interactive job 30398880 has been successfully scheduled.
Establishing /home/geadmin/N1GE/utilbin/lx-amd64/qlogin_wrapper session to host gc066i ...
Warning: Permanently added '[gc066i]:34434,[172.28.1.74]:34434' (ECDSA) to the list of known hosts.
Last login: Sun Dec 20 11:54:20 2020 from yc001i
2. run¶
テスト用のデータを使って実行してみましょう。
[username@gc016 ~]$bash /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/main/CovidPipeLine.sh \
--sample_conf /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/database/data/test.csv \
--output_dir {出力先ディレクトリ} \
--nextflow_conf /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/main/config/covid.cfg
オプション | 説明 |
---|---|
-s / --sample_conf <path> |
サンプル設定ファイルのパス |
-n / --nextflow_conf <path> |
パイプライン設定ファイルのパス |
-o / --output_dir <path> |
出力先のフォルダのパス |
-q / --qsub_option <option> |
パイプライン本体を実行するジョブをqsubで投げるときのオプション
example) ‘-q -l ljob,s_vmem=64G’
|
-v / --visualization |
nextflow実行時にworkフォルダに生成するファイルの先頭から
ドットを取り除きません。
|
Note
テスト用のデータについて
今回テスト用に用いたデータ
/share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/database/data/
└B.1.1.7_North_America_genome_artificial_1.fastq
└B.1.1.7_North_America_genome_artificial_2.fastq
は ViralZone の B.1.1.7のfastaファイル から人工合成したものです。
3. result¶
解析が正常に終了したか確認します。
{出力先ディレクトリ}/report.htmlに結果が出力されています。
htmlファイルは そのままで見ることができないのでlogoutしてからscpコマンドを使って自分のpcにダウンロードしてからファイルを開きます。 ( ファイルのダウンロード方法 )
openコマンドまたはダブルクリックを使うことでreport.htmlをブラウザで開きます。
(base) username@MacBook-Pro ~ %open report.html
Workflow execution completed successfully!と表示されていたら成功です。