Quick Start コロナウイルス解析

1. qlogin

ターミナルを開きます。
Mac book proだと最初このような表記になっています。
(base) username@MacBook-Pro ~ %
SHIROKANEにSSHで接続します。( https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/273 )
(base) username@MacBook-Pro ~ %ssh -l username slogin.hgc.jp
Enter passphrase for key '/Users/username/.ssh/id_rsa':
Last login: Thu Jan  7 15:18:58 2021 from 202.175.149.237

[Begin first by QLOGIN!]
Welcome to SHIROKANE supercomputer of Human Genome Center, IMS, UT.
This is a login node as the gateway with very little software.
You can type  qlogin  COMMAND to use all the features of SHIROKANE.
    |         o                 ,,
,--.| ,--.,--.. ,--. |  --, / +-   -+-   .
|  || |  ||  || |  | |   / /  |-- | ` |  |
`--|`-`--'`--|`-`  ` `-- `-`- '`- `-  `-
   `      `--' https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/357
[A login node of SHIROKANE username@slogin1:~]$qlogin
要求ハードリソース
  memory (s_vmem): 4.5G = ジョブは 1 スロットあたり 4.5G バイトのメモリを要求します
  slots (def_slot): 1 = ジョブは 100% の CPU を要求します
  total memory: 4.5G = ジョブは 4.5G バイトのメモリを要求します
通常の qlogin を実行します。
Your job 30398880 ("QLOGIN") has been submitted
waiting for interactive job to be scheduled ...
Your interactive job 30398880 has been successfully scheduled.
Establishing /home/geadmin/N1GE/utilbin/lx-amd64/qlogin_wrapper session to host gc066i ...
Warning: Permanently added '[gc066i]:34434,[172.28.1.74]:34434' (ECDSA) to the list of known hosts.
Last login: Sun Dec 20 11:54:20 2020 from yc001i

2. run

テスト用のデータを使って実行してみましょう。
[username@gc016 ~]$bash /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/main/CovidPipeLine.sh \
            --sample_conf    /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/database/data/test.csv \
            --output_dir     {出力先ディレクトリ} \
            --nextflow_conf  /share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/main/config/covid.cfg

参考
オプション 説明
-s / --sample_conf <path> サンプル設定ファイルのパス
-n / --nextflow_conf <path> パイプライン設定ファイルのパス
-o / --output_dir <path> 出力先のフォルダのパス
-q / --qsub_option <option>
パイプライン本体を実行するジョブをqsubで投げるときのオプション
example) ‘-q -l ljob,s_vmem=64G’
-v / --visualization
nextflow実行時にworkフォルダに生成するファイルの先頭から
ドットを取り除きません。

Note

テスト用のデータについて

今回テスト用に用いたデータ
/share/pub/hgc_ppl/CovidPipeLine/2.1.0/database/data/
└B.1.1.7_North_America_genome_artificial_1.fastq
└B.1.1.7_North_America_genome_artificial_2.fastq
ViralZoneB.1.1.7のfastaファイル から人工合成したものです。

3. result

解析が正常に終了したか確認します。

{出力先ディレクトリ}/report.htmlに結果が出力されています。
htmlファイルは そのままで見ることができないのでlogoutしてからscpコマンドを使って自分のpcにダウンロードしてからファイルを開きます。 ( ファイルのダウンロード方法 )

openコマンドまたはダブルクリックを使うことでreport.htmlをブラウザで開きます。
(base) username@MacBook-Pro ~ %open report.html
Workflow execution completed successfully!と表示されていたら成功です。