サンプルの取り間違いのチェック
NGSのデータファイルが同じ症例のサンプルかどうかをチェックします。
を参考にしてください。
Note
メモリリーク?
samtools mpileup(v1.2)を実行するとき
[bam_plp_destroy] memory leak: 113. Continue anyway.
というログを出力して計算が止まる場合があります。
再度同じ条件で実行してmemory leakのログが出力されないことを確認してください。
https://www.biostars.org/p/173354/ にmemory leakについて記載があります。