RNA 解析で出力されるファイルについて

STAR, STAR-Fusion, Htseq, Deseq2, Fastqcの出力結果がそれぞれのフォルダに出力されます。

出力ディレクトリ階層

RNA解析結果

{出力先ディレクトリ}
  └star/                             ：1) STAR結果
      └{サンプル名}
          └{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam
          └{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam.bai

  └fusion/                           ：2) STAR-Fusion結果
      └{サンプル名}/
          └star-fusion.fusion_predictions.abridged.tsv
          └star-fusion.fusion_predictions.tsv

  └expression/
      └htseq/                        ：3) htseq-count結果
          └{サンプル名}/
              └{サンプル名}.count.txt

      └deseq2/                       ：4) deseq2結果
          └{tumor_panel名}_{normal_panel名}/
              └gene_clustering.png
              └heatmap1.png

  └genomon_fusion/                   ：5) Genomon Fusion結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.genomonFusion.result.txt
          └{サンプル名}.genomonFusion.result.filt.txt

  └genomon_expression/               ：6) Genomon Expression結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.genomonExpression.result.txt

  └fastqc/                           ：7) fastqc結果
      └'index.html'

  └config/                           ：8) Other
  └log/
  └work/